Tubería de instalaciones de proteómica central Una tubería para el análisis de los datos proteómicos de MS / MS / MS
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Tubería de instalaciones de proteómica central Descripción

Una tubería para el análisis de los datos proteómicos de MS / MS. La tubería central de las instalaciones de la proteómica (CPFP) es un gasoducto para el análisis de los datos proteómicos de MS / MS, destinados a las necesidades de las instalaciones centrales de proteómica académica. La tubería utiliza múltiples motores de búsqueda y las herramientas Trans Proteomic Pipeline (TPP) para proporcionar una búsqueda, validación y cuantificación fáciles y sólidas de conjuntos de datos proteómicos LC-MS / MS.El CPFP es compatible con las búsquedas con Mascot (Matrix Science), Tandem (Nativo y K-Puntaje), y Omssa. Una sola forma permite la presentación a los tres programas, sin la necesidad de crear archivos de parámetros y conciliar las diferencias en las especificaciones de modificación, etc. El procesamiento se realiza utilizando trabajos en un clúster de gridos, lo que permite que la tubería se amplíe fácilmente como el volumen de datos a ser analizados aumentos. La cantidad de ITRAQ e isótopos etiquetados (Silac / Heavy Dimethyl / ICAT) se pueden realizar dentro de la Pipeline.CPFP, se escribió en la Universidad de Oxford, donde se desarrolla activamente y se usa diariamente para respaldar las necesidades de las instalaciones principales de Oxford. Se lanza aquí como software de código abierto bajo la licencia CDDL.

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