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Biblioteca de Abrir Source Java para Química Computacional El kit de desarrollo químico (CDK) es una biblioteca de Java para biológica y quimioinformática y química computacional. El kit de desarrollo químico es la base de otros proyectos como Jchempaint, Séneca, JMOL y NMRSHIFTDB. Requisitos: · Java ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Nombre paralizado fijo · Actualizado el objetivo MakFP3D para trabajar con el sistema de compilación actual · Configurar una sucursal para la versión 1.2.4 · Corrige el error 2898399. Actualizaciones al analizador de SMARTS para manejar la coincidencia adecuada para hidrogenas explícitas (incluidas H, 1H, 2H y 3H). SmartSQueryVisitor actualizado para tener en cuenta los diferentes isótopos de H. También las pruebas de unidad actualizadas para tener en cuenta la correspondiente a coincidencia. Se agregó una prueba de unidad para verificar más en H coincidencia. · Pruebas añadidas para que coincidan con los hidrogenadores. · Reelaborar las pruebas del error 2898032. Javadocs actualizados para el generador de sonrisas · Prueba de unidad agregada para confirmar y verificar el error 2898032 · UIT actualizado para manejar las consultas de un solo átomo y agregó una prueba de unidad para el error 2888845. También actualizó Javadocs para notar específicamente el comportamiento de las consultas de un solo átomo · Generación agregada de frascos de origen de Java. · Fijados fijos para permitir XML sin nuevas líneas (Cierres # 2832835) · Pruebas de unidad agregadas para la detección de archivos XML de Pubchem. · Sobrescribir las pruebas de la unidad, porque no hay eventos de cambio que pasen en absoluto para las implementaciones de la interfaz de nootificación · Se agregaron pruebas de unidad faltantes para la propagación de eventos de Ichemmodel para el campo de Icrystal · Propagación fija de los eventos de cambio a Ichemmodel cuando se realizan modificaciones en niños IchemObjects · Pruebas de unidad fija: el ICHEMMODEL.SETFOO (NULL) debería dar un evento de cambio en el oyente del Ichemmodel, y no después de no registrarse del objeto FOO. · Prueba de unidad agregada a la función de la nueva configuración de IO para forzar la salida de coordenadas 2D. · Opción de escritor agregada para forzar la escritura de las coordenadas 2D si las coordenadas 3D también están presentes, lo que ahora se emiten preferiblemente. · Prueba de unidad agregada Para verificar que si las coordenadas 2D y 3D están disponibles, las coordenadas 3D se emiten. · Taglets fijos: solo devuelva HTML si se da la etiqueta; El método Tostring () se da para todos los casos, no solo cuando se encuentra la etiqueta · Error de Solucionación que estaba causando varias partes de la descriptorEngina que fallará: estaba tratando de instanciar a una clase no descriptora que reside en el directorio del paquete descriptor. Esta solución es un poco kludgy, idealmente, solo los descriptores deben estar en ese directorio · Corrige ClassCastException cuando no sea imolécule · Actualizado a PMD 2.4.5 con muchas correcciones de errores, dando informes de errores más precisos · Se agregó dependencia faltante de CDK-Diff, usada en una de las pruebas de la unidad. · Nombres de métodos fijos para que coincidan con los de la clase de prueba · Nombre del método de prueba fijo para que coincida con los Patters esperados, la fijación de una prueba de cobertura falla · Quitado el código duplicado: MolecularFormulatest ahora extiende abstractmolecularFormulatest · Anotación de método de prueba fija para apuntar al método derecho. · Añadido Falta @testMethod Annotation · Módulos agregados que faltaban en las pruebas de PMD · Módulos agregados que faltaban en las pruebas de DocCheck · Parche para Bug 2843445. Apunta a corregir la generación de coordenadas de NAN por SDG · Fije la prueba de la unidad para no dar una excepción de 'PURS DE INPUT deben admitir' en algunas plataformas, envolviendo la corriente de entrada en un NufferedInputTream. · Se agregaron dependencias faltantes. · Añadido IOFORMATS a los módulos para probar · Use StringBuilder para agregar los datos de campo, lo que le da un gran impulso de rendimiento para el archivo SD donde se encuentran los datos de campo Multilina. · Use StringBuilder para agregar los datos de campo, lo que le da un gran impulso de rendimiento para el archivo SD, donde muchos datos de campo, como el chebi_complete.sdf · Factory Out Pasos en la lectura del bloque de datos del archivo SD · Versión golpeada, para dejarlo en claro esto no es el lanzamiento 1.2.3 · Se corrigió el registro en la etiqueta CDK.ThreadSageNonsage (cierra # 2796362) · Se eliminó el patrón obsoleto de la etiqueta vieja de SvnRev · Se corrigió Javadoc para eliminar las huellas de la etiqueta vieja de SvnRev · Mensaje de excepción sincronizada con implementación (correcciones # 2844333) · La electronegatividad de pauling también se copia en la configuración. No puedo ver por qué no copiar todo lo que tenemos. · Añadida anotación de errores · Caso de prueba para error # 2846213 · Percepción fija de N.PLANAR3 donde se detectó N.SP2, tomando en cuenta ahora el recuento de hidrógeno dado. · Percepción fija de benceno con todos los enlaces individuales, pero el conteo de hidrógeno 1 y los enlaces marcados aromáticos. En este caso, el tipo es C.SP2 no C.SP3. · Afirmaciones agregadas a la prueba de la unidad para los valores que no son nulos · Se agregaron dos pruebas de unidades para el mismo problema: los tipos de átomos de carbono no se perciben correctamente si la información de orden de bonos es soltera, y se establece el conteo de hidrógeno y la bandera de aromaticidad. · Movió la clase en un paquete org.openscience.cdk, que parece funcionar ahora. Estoy desconcertado por qué no antes. Resuelto que falla varias pruebas de unidad. · Fusionar la sucursal 'cdk-1.2.x' de ssh: //egonw@cdk.git.sourceforge.net/gitroot/cdk en cdk-1.2.x · Sin sellar el frasco XOM para permitir que tenga el arializador de aduana. · Error de javadocs fijo · Se corrigió una etiqueta de javadoc incorrecta. También se eliminó la etiqueta SVN en el archivo Parser JJT de SMARTS, reemplazado con etiqueta GIT · Soporte adicional para 'Public Enum's · ERROR CORREGIDO EN BONDTOOLS.ISTEREO (Contenedor de IATOMCONTERETE, ESTRENEROATOADOMO DE IATOM). Una comparación de símbolos de átomos en un bucle anidado estaba utilizando el contador del bucle exterior dos veces. Note que funcionó antes, porque hay una especie de falto a los números de Morgan. Track to Morgan (correcciones # 2830287) · Se agregó una nueva prueba para BondTools . · Prueba general para la consistencia de las pruebas entre la escritura () y acepta (), las pruebas que todos aceptadas también se pueden escribir. · Prueba de unidad agregada para el error # 2826961: Atom tiping inconsistente para dos sonrisas. La prueba de la unidad no muestra un fallo, descartando un error CDK · Eliminar la declaración de tiros erróneos · Error encontrado calcular la masa exacta dada una fórmula molecular cuando se carga negativa. · Lectura fija de la base de datos CDK / DICT / DAPELS / ELEMELS.OWL, que ahora está en OWL · Problema fijo 2458210: Use AssertNotnull (FOO), etc. En lugar de asistir (foo! = Null). · Se agregaron equivalentes mínimos para bondmanipulator.getMaximAxImumbondorder () Métodos · Correcciones afirmaciones: después de la eliminación * No * Cambiar debe ser grabado · Opción IO agregada para deshabilitar el generador de las declaraciones de Declaración XML en el CML de salida. · Añadidos genéricos, y código constructivo al devolver siempre una lista de la misma '?'. (Y unos 80 caracteres correctan en los javadocs.) . · Pruebas de unidad agregadas para la propagación del evento de Conjuntos a Chemmodel. · Más pruebas de banderas. · Fix for Junior TRABAJO ID: Los métodos de prueba deben arrojar solo una excepción. · Se corrigieron las importaciones faltantes y envueltas a 80 caracteres. Mejor manejo de la excepción en Builder3D: · Se corrigió la serialización de las IATOM con un cargo formal nulo para no causar nullpointerExceptions · Prueba de unidad agregada para la serialización de cargos formales nulos en el formato MDL Molfile (que actualmente falla) · Actualizado Javadocs para Smarts Query Herramienta para indicar características no compatibles · Limpiar el archivo de origen para eliminar las terminaciones de línea espuria

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