MACGDE Un conjunto de programas para una alineación y análisis de secuencias múltiples.
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MACGDE Descripción

Un conjunto de programas para una alineación y análisis de secuencias múltiples. MACGDE es un conjunto de programas para una alineación y análisis de secuencias múltiples. Los programas utilizan una interfaz de usuario ampliable que permite la adición de funciones de análisis externas sin ninguna reescritura del código. El sistema admite varios tipos de datos, secuencias de nucleicos y de aminoácidos, texto y secuencia de enmascaramiento, y tres formas de resaltado de color. MACGDE tiene varias funciones de análisis externo incluidas para cosas como el reconocimiento de homología, la alineación automática, la búsqueda y el análisis filogenético. Requisitos: · X11 entorno de ventana. ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Se corrigió la configuración del tamaño de la ventana para que MACGDE no se abra más grande que la pantalla de visualización. · Se agregaron "Menús de GDE completo o básico" en el menú Archivo para que los usuarios puedan tener GDE sin todas las adiciones que he realizado. Esto elimina los menús de filogenia y muchos otros programas que he agregado. Puede cambiar entre el menú dos, pero debe abrir una nueva ventana GDE para ver los cambios. · Modificó el comando Importar formato de formato extraño, de modo que solo los datos del archivo se traen a dejar solo el archivo original. · Una copia del final del archivo con .gde ya no se hace. Ahora se le da una advertencia para recordar nombrar el archivo con el comando Guardar como ... después de la importación. · Importar formato extranjero ahora reconoce los archivos de formato clustal usando Clustalw (debe estar presente) incluido con MACGDE. · Se agregó un comando VER CHROMAT SECUENCIA para ver los cromatogramas en LifeTrace. Esto utiliza un panel, al igual que los comandos abiertos e importadores para localizar el archivo y abrirlo. · Importar CHROMAT y VER COMANDOS DE SECUENCIA DE CHROMAT NOW HABLA SPACE en los nombres de la carpeta (carpeta). · Pero los nombres de los archivos de Chromat no pueden tener espacios. · Los archivos del árbol DESOETE ahora terminan en .Tre para que TreeView X los abrirá directamente. · Cambió la configuración del Sr. Bayes MCMC para que el tipo de consenso sea "todo compatible". · Esto ahora coincide con la configuración predeterminada de Sr. Bayes y, a menudo, agrega la resolución y el soporte a los nodos. · En PAUP, la multicpú se ha cambiado a 2 o 4 CPU. Dado que la mayoría de las computadoras ahora tienen 2 o 4 CPU · Cambié las opciones de ejecución para que los bootstraps se puedan ejecutar automáticamente. He eliminado la opción manual. Con suerte, esto le facilitará a todos obtener sus bootstraps Paup hechos más rápidamente. · Se agregó una función de la base de datos de sobrescritura a las bases de datos de Blast Blast de administración locales y administran las bases de datos de proteínas Blasts locales en el menú Administración de secuencias. Esto le permitirá reemplazar una base de datos completa completa. · Útil si agregó accidentalmente algo a una base de datos que no quisiste hacerlo. · Esto tiene el mismo efecto que eliminar la recuperación de una base de datos, pero en un solo paso. Adición de nuevo programa: · Paralelas Sr. Bayes (Philogeny 1> MrBayes3.1.2 Opciones de ejecución) Puede elegir un procesador (esto funciona, Sr. Bayes) o 2 o 4 procesadores (ejecuta PMRBAYES). Deberá ejecutar Mac OS 10.5 o mejor para que esto funcione y tenga 2 o 4 procesadores. · Phyml 3.0 en filogenia 2 utiliza la interfaz similar a Phylip. · Protestost 2.1 bajo filogenia 1 · SNAP: Sinónimo Programa de análisis no sinónimo debajo del menú ADN / ARN. Este programa calcula tasas de sustitución sinónimo y sin ey-siny-sinónimo basadas en un conjunto de secuencias de nucleótidos alineadas por codón. · Tree de distancia sinónimo o sinónimo (SNAP) debajo del menú Filogenia 2. Esto usa SNAP para generar una matriz DS o DN Distancia que se puede analizar con el programa vecino desde el paquete PHYLIP para crear árboles. Actualizaciones a otros programas: · Blast ahora está en la versión 2.2.20 · CAP2 (Administración de secuencias> Ensamblate contigs) ahora mantendrá el nombre de las secuencias de hasta 50 caracteres. · Phylip ahora está en la versión 3.68

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