Asatura Demuestra la saturación en secuencias de nucleótidos
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Asatura Clasificación y resumen

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Asatura Descripción

La forma habitual de demostrar la saturación en las secuencias de nucleótidos es trazar la fracción de las diferencias entre las secuencias contra la distancia evolutiva que las separe. Cuando el número de diferencias observadas, por ejemplo, para la fracción de las posiciones del tercer codón, ya no aumenta con el aumento de la distancia evolutiva, se dice que la secuencia está saturada. La misma técnica se puede aplicar a secuencias de aminoácidos (AA). Hemos desarrollado una solicitud de Java llamada Asatura que discrimina sustituciones AA con alta y baja probabilidad de ocurrencia. Todos los reemplazos de AA se definen como "frecuentes" o como "raros", dependiendo de sus probabilidades de mutación, que se infierten de las matrices de probabilidad de sustitución, como la conocida PAM y Blosum. Estos 20 por 20 matrices proporcionan las probabilidades derivadas empíricamente de una AA que se reemplaza por otra, cuando las secuencias se han divergido a través de una cierta distancia evolutiva. La aplicación ASATURA ordenará todas las sustituciones de acuerdo con estas probabilidades y se puede elegir un valor de probabilidad "corte" que diferencia entre sustituciones frecuentes y raras. Para cada par de secuencias, el programa incluye el número de reemplazos frecuentes y raros de AA observados contra su distancia evolutiva. Al modificar el valor de suministro de probabilidad de sustitución, el número de sustituciones AA clasificadas como frecuentes o raras se pueden cambiar. Idealmente, la selección cuidadosa del valor 'corte' divide el conjunto de datos originales en un saturado y un insaturado. Además de las matrices de probabilidad de sustitución más utilizadas, como PAM, BLOSUM, MTREV24 y JTT, también se pueden usar matrices definidas por el usuario.

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