La aplicación Blastalign utiliza la explosión NCBI para alinear las secuencias de nucleótidos que tienennales grandes (inserciones / eliminaciones) o son difíciles de alinear a nivel mundial. El programa selecciona la secuencia más representativa de las secuencias de entrada y luego extrae la consulta de explosión anclada múltiples alineación (en formatos Nexus y Phylip). Alternativamente, el usuario puede elegir qué secuencia usar como ancla. El programa también emite una matriz que representa regiones de homología a lo largo de las secuencias, que se pueden usar para identificar visualmente a los subgrupos que comparten grandes intelectos grandes. Un programa adicional, Blastalignp usa Tblastn para alinear las secuencias de nucleótidos a una sola secuencia de referencia de aminoácidos, lo que permite mantener un marco de lectura abierto en la alineación múltiple.
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