Carbón Una pequeña herramienta para computar de probabilidades de árbol de genes
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Carbón Clasificación y resumen

Carbón Etiquetas

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Carbón Descripción

El programa de carbón se desarrolló para ser una pequeña herramienta para computar las probabilidades del árbol de genes y simular los genes en los árboles de especies bajo el modelo coalescent. Principales características: calcula las probabilidades de las topologías de los árboles de genes que se les da un árbol de especies fijas con longitudes de rama especificadas en unidades coalescentes (número de generaciones divididas por el doble del tamaño de la población efectiva para una población diploide). Se supone que ambos árboles se están bifurcando, aunque las longitudes de la rama de árboles de las especies se pueden establecer en cero para evitar esto. Se permiten múltiples (o cero), se permiten individuos dentro de las especies, pero la notación es específica; Las etiquetas para individuos deben ser el nombre de la especie seguido de un guión, luego un número. Por ejemplo, si A es un nombre de especie, los genes muestreados de A debería llamarse A-1, A-2, etc. Hay tres archivos de entrada: un archivo de árbol de especie con árboles de especie en Formato Newick; un archivo de árbol genético, con genes en formato Newick; y un archivo de entrada con comandos que incluyen los nombres de los archivos de especies y árboles de genes, el número de taxones y opciones para la salida. Las opciones de salida permiten que las historias coalescentes se enumeren o no. Si es así, las fórmulas simbólicas para las probabilidades del árbol de genes se pueden dar en términos de los términos P_ {UV} (ver papel). Otras opciones incluyen imprimir la topología del árbol de genes, computar probabilidades acumuladas para los genes dentro de cada árbol de especies y contando el número de historiales coalescentes. Consulte el archivo de ayuda para varias opciones. Los árboles genéticos se pueden simular dentro de los árboles de especies. Actualmente, esto se limita a un solo gen por caja de especies y requiere tamaños de población constantes en el árbol de especies. Los árboles geniales se generan de modo que los subárboles se rotan de manera única. Por ejemplo, si ((a, b), c) es un subárbol, (C, (A, B)) no se generará.

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