Cbcanalyzer Inferir filogenías basadas en cambios de base compensatorios (CBC)
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Cbcanalyzer Clasificación y resumen

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simular filogenias simulación de filogenes estimar las filogenes grandes Estimación de filogenes grandes Análisis de filogenes grandes. Cambio de base compensatorio Transforma de CT Detectar CBC Cttransform CBCDetect CBCÁrbol

Cbcanalyzer Descripción

El CBcanalyzer (CBC = Cambio de base compensatorio) se desarrolló para ser una caja de herramientas de software escrita personalizada que consiste en tres partes, CTTRANSFORM, CBCDetect y CBCTree. CTTRAnsform lee varios formatos de archivo CT (CT, RNAVIZ CT o MAC CT), y genera un formato así llamado `` Bracket-Dot-Bracket '' que normalmente se usa como entrada para otras herramientas como RNAForester, RNAMOVIE o MARNA. Este último crea una alineación múltiple basada en secuencias primarias y estructuras secundarias que ahora se pueden usar como entrada para CBCDetect. A continuación, contamos con CBCS en total, contra todas las secuencias alineadas, lo que es importante para detectar especies, discriminadas por su incompatibilidad sexual. La matriz de conteo (distancia) obtenida por CBCDetect se usa como entrada para CBCTREE que reconstruye un filograma utilizando el algoritmo de Bionj.Note: CBCanalyzer está disponible libremente para uso no comercial

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