Copasi

Análisis de redes bioquímicas y simulación facilitadas.
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Copasi Clasificación y resumen

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  • Rating:
  • Licencia:
  • Freeware
  • Nombre del editor:
  • COPASI Team
  • Sistemas operativos:
  • Windows All
  • Tamaño del archivo:
  • 15.7 MB

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Copasi Descripción

COPASI es una herramienta fiable diseñada para ayudarle a analizar las redes de bioquímica y su dinámica. Que cuentan con una interfaz sencilla de utilizar que le permite configurar las redes, agregar tareas y generar informes. Esta herramienta se presenta como un programa independiente que soporta modelos de la norma SBML y pueden simular su comportamiento usando ecuaciones diferenciales ordinarias o algoritmo de simulación estocástica de Gillespie; eventos discretos arbitrarias pueden ser incluidos en tales simulaciones. COPASI lleva a cabo varios análisis de la red y su dinámica y tiene un amplio soporte para la estimación de parámetros y optimización. COPASI proporciona medios para visualizar los datos en parcelas personalizables, histogramas y animaciones de diagramas de red Principales características: modelo: red reacción química. funciones cinéticos arbitraria. odas de compartimentos, las especies y cantidades globales. misiones para compartimentos, las especies y cantidades globales. asignaciones iniciales de los compartimentos, las especies y cantidades globales. importación SBML (L1V1 + 2, L2V1-4) y exportación (L1V2, L2V1-4). Análisis: estocástico y simulación curso del tiempo determinista análisis del estado estacionario (incluyendo estabilidad). análisis de control metabólico / análisis de sensibilidad. modo de análisis elemental. análisis conservación de la masa. análisis separación escala Tiempo Cálculo de exponentes de Lyapunov. exploraciones parámetro. Optimización de funciones objetivo arbitrarias. Estimación de parámetros con datos de evolución en el tiempo y / o experimentos de estado estacionario simultáneamente. Graphical User Interface (CopasiUI) Sliders para cambios de parámetros interactivos. mesas Código de color gráficos de barras 3D Parcelas y Histogramas. Red diagrama de visualización de los resultados. línea de comandos (CopasiSE) para procesamiento por lotes. Las versiones para MS Windows, Linux, Mac OS X y Solaris SPARC. carga de los ficheros GEPASI heredados. Exportar a Berkeley Madonna, XPPAUT, y el código fuente C del sistema de ODE generada a partir del modelo. Ahorro de fórmulas matemáticas y ODEs en MathML o LaTeX


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