Cuasirecomb Generar y analizar cuasispecies virales sometidas a recombinación.
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Cuasirecomb Clasificación y resumen

Cuasirecomb Etiquetas

inferencia Recombinación

Cuasirecomb Descripción

Quasirecomb es una aplicación ligera que se ejecuta en la consola de comandos, simulando un modelo de Markov para generar cuasispecies virales. Describe la generación de las cuasispecies virales y un método para inferir sus parámetros al analizar los datos de secuenciación de próxima generación. El modelo se valida en datos simulados, lo que muestra la ventaja de tener en cuenta el proceso de recombinación explícitamente, y se prueba aplicando a las lecturas obtenidas de muestras experimentales del VIH. Ofrece una implementación del algoritmo de EM para encontrar una estimación máxima a posteriori de los parámetros del modelo y un método para estimar la distribución de las cepas virales en las cuasispecies.

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