Fire Búsquedas en secuencias de bacteriófagos genomas para bloques que muestran similitud de secuencia.
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Fire Clasificación y resumen

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buscador similitud de color semejanza Similitud variable saliente Navegador del genoma Genoma anotado Visualizar el genoma Genoma Ver similitud Secuencia de imagen de visualización búsqueda de la secuencia del genoma buscador de secuencias del genoma encontrar la secuencia del genoma bacteriófago analizar el genoma análisis del genoma Ver múltiple genoma Búsqueda genoma Ver secuencia del genoma Visor de secuencia del genoma Mostrar secuencia del genoma Ver datos del genoma explorar el genoma Ver el genoma lenguaje genomo algoritmo de similitud de texto genoma procariot Análisis del genoma de Arabidopsis Ver Arabidopsis genoma Analizar el genoma de Arabidopsis Analizar el genoma bacteriano Visualización del genoma Visor del genoma Asociación Genoma Sangre de similitud Similitud de secuencia comparar genoma secuencia Comparación de secuencias del genoma Secuencia del genoma Seguimiento del navegador del genoma UCSC Ver archivo de genoma Mostrar datos del genoma Secuencia de genoma bacteriano Explorador del genoma genoma microbiano caracterizar el genoma Caracterización del genoma Ver el genoma bacteriano similitud de la imagen porcentaje de similitud similitud visual

Fire Descripción

El programa Fire, un programa independiente en Visual Basic, realiza una búsqueda algorítmica basada en cuerdas en secuencias del genoma de bacteriófos, descubriendo y extracción de bloques que muestran similitud de secuencia, correspondientes a elementos reguladores conservados contenidos dentro de estos genomas de manera sistemática, sin ningún experimento previo o Conocimiento predictivo. Phire compara sistemáticamente todas las subcadenas de ADN de una longitud específica (L) entre sí, lo que permite ordenar un número limitado de desajustes (degeneracy D) para resolver y extraer los conjuntos más grandes (Dominantnum) de las subcadenas que representan un consenso único. De esta manera, todo el genoma se analizará en la cadena de ADN de Watson y Crick. Para visualizar las secuencias alrededor de la secuencia de consenso, el tamaño de la ventana (W) se puede adaptar para incluir las secuencias a la izquierda y la derecha de cada cadena individual de ADN seleccionada.

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