Fonzie Encuentre marcadores con esta herramienta
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marcador cartografía genética

Fonzie Descripción

Fonzie es una aplicación informática con sede en Python que se creó para la especialidad de cartografía genética. Fonzie le permite encontrar marcadores en un conjunto de secuencias y también asociar oligonucleótidos. Fonzie llama al buscador repetido en tándem en el archivo de secuencia de nucleic de entrada (Formato FASTA). Cada marcador se proyecta con respecto a diferentes criterios (tamaño, porcentaje de coincidencias, presencia en regiones específicas de la secuencia de entrada). Luego, la sensibilidad del marcador se establece realizando una explosión contra una base de datos de secuencias nucleicas (que incluyen el archivo de entrada). Esta base de datos debe ser creada antes del uso de FONZIE. En el siguiente paso, los pares de cebadores están diseñados, utilizando Primer3, para los marcadores seleccionados. Fonzie luego prueba la sensibilidad del producto de amplificación utilizando la explosión contra la base de datos. Los archivos de salida de FONZIE son un archivo de texto delimitado por pestañas que incluye datos sobre marcadores y cebadores, un archivo DAT que es la salida de los directorios TRF y 3 que contienen respectivamente, la secuencia de marcadores en FASTA, la secuencia de amplificación del producto en FASTA y un archivo de datos Para cada marcador.

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