Gedi-admx Detección de errores de genotipo y imputación para poblaciones mezcladas
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Gedi-admx Descripción

GEDI-ADMX es una aplicación construida para manejar los datos de genotipo de individuos no relacionados. La inferencia local de ascendencia local utiliza un HMMS factorial capacitado en haplotipos ancestrales para imputar genotipos en todos los loci tipigados SNP en cada posible ascendencia local. GEDI-ADMX asigna a cada locus la ascendencia local que produce la precisión de imputación más alta, tal como se evalúa utilizando un esquema de votación ponderado basado en múltiples ventanas SNP centrado en el lugar de interés. Detección de errores y la imputación de los genotipos faltantes a los SNP escritos se realiza utilizando Las probabilidades de genotipo multilocus se calculan en función del HMM factorial correspondiente a la ascendencia local inferida. La imputación de los genotipos en cada SNP sin impecación se realiza en función de las probabilidades de genotipo posterior calculadas utilizando un HMM factorial similar que abarca K (predeterminado K = 10) SNP escrito antes y después del locus imputado. El paquete Gedi-Admx proporciona métodos para: · Inferencia de ascendencia local. · Detección y corrección de errores de genotipo SNP · Imputación de los genotipos faltantes a los SNP escritos, y · Imputación de los genotipos a los SNP sinquipos.

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