Hapedit Visor de montaje de haplotipo basado en Java
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Hapedit Clasificación y resumen

Hapedit Etiquetas

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Hapedit Descripción

Hapedit es un instrumento que se ha creado especialmente para ayudar al usuario a evaluar la precisión del conjunto de haplotipos. Esto se hace utilizando las tecnologías de secuenciación de próxima generación. Hapedit es una herramienta que se creó con la ayuda del lenguaje de programación Java y puede ejecutarse en múltiples plataformas. Principales características: En lugar de una secuencia de consenso haploide, se muestran los segmentos de haplotipo en la parte superior de la ventana del ensamblaje de haplotipo. Se muestra un puntaje de calidad que evalúa la precisión para los segmentos de haplotipo ensamblado debajo de los segmentos de haplotipo. Un nombre de lectura es coloreado, reflejando la tecnología de secuenciación utilizada para la lectura. Las llamadas base están de color diferencial de color de acuerdo con sus puntuaciones de calidad. Esto facilita a un usuario para encontrar llamadas de base de baja calidad. Al hacer doble clic en una región específica en la ventana de navegación de ensamblaje, un usuario puede ver la vista detallada de la ventana que se muestra en la ventana del ensamblaje Haplotype. Los segmentos de haplotipo missemblado se pueden romper en pedazos. La conexión de los segmentos de haplotipo que se confirma mediante datos complementarios está habilitada por operaciones simples del mouse. Las tasas de composición de las tecnologías de secuenciación se analizan y se muestran en los gráficos de barras. De manera similar, la secuencia y la cobertura de clon también se resumen en gráficos circulares.

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