Hapmixmap HAPMIXMAP es un programa para modelar haplotipos extendidos en estudios de asociación genética
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Administrar asociación gene Asociación de imágenes de Dafault Editar asociación de programas haplotipo gen candidato Haplotipos extendidos TAG SNP GENOTYPE loci Programa genético descendente Análisis de haplotipos Haplotipos de cabra Análisis de la Asociación Genética Analizar la asociación genética.

Hapmixmap Descripción

Puede usar HapMixMap para probar fácilmente toda la loción un gen candidato en el que se han escrito los SNP de la etiqueta en casos y controles HapMixMap es un programa para modelar haplotipos extendidos en estudios de asociación genética. Se pretende principalmente para modelar haplotipos HAPMAP utilizando datos de genotipo SNP de etiqueta. HapMixMap es un programa para modelar haplotipos extendidos en estudios de asociación genética, similar al programa FASTPHASE desarrollado por Scheet y Stephens (2006). El programa modela datos genotipo inconfugios en individuos no relacionados, y se adapta a un modelo en el que el desequilibrio de enlace es generado por los procesos de llegada de Poisson independientes de K, correspondientes a K Modal Haplotype States. Esto corresponde a la observación que normalmente 2-4 haplotipos comunes representan la mayor parte de la diversidad alélica en cualquier bloque de haplotipo, y que los haplotipos más raros son típicamente variantes leves de estos haplotipos modales. La estructura similar a bloque de haplotipos en el genoma, correspondiente a los puntos de acceso de recombinación ancestral, se modela al permitir la tasa de llegada para variar a través del genoma. Este modelo es similar al utilizado en AdmixMap a un modelo de mezcla entre poblaciones, y la mayor parte del código en HapMixMap se deriva de AdmixMap. El programa genera la distribución posterior de los haplotipos a través de cada cromosoma, dado los datos genotipos inconfiados observados. Las pruebas de puntuación para la asociación con una variable de resultado se construyen promediando sobre esta distribución posterior. Para una variable de resultado binario (como en un estudio de control de casos), el programa se adapta a un modelo de regresión logística. Para un rasgo cuantitativo, el programa se adapta a un modelo de regresión lineal y para los datos de tiempo de supervivencia, el programa se adapta a un modelo de regresión de Cox. El objetivo del programa está diseñado para ser utilizado con datos de genotipo HAPMAP: un conjunto de datos está disponible para un panel de 60 individuos no relacionados en cada uno de los tres grupos continentales. Estos datos de genotipo se pueden combinar con los datos de genotipo en los individuos en estudio (generalmente una recolección de casos de control) en un subconjunto de los loci de HapMap. Por lo general, este subconjunto de Loci HapMap será TAG SNPS, como aquellos en las matrices Affymetrix o Illumina). Luego, el programa modela la estructura de haplotipo de la población, utilizando datos del panel HAPMAP y los individuos en estudio, y genera la distribución posterior de los genotipos en todos los loci de HapMap sin impecación en los individuos en estudio. Usando HapMixMap, cualquier estudio de asociación genética utilizando un panel de SNP de la etiqueta se puede analizar como si todos los loci en el HAPMAP se hubieran escrito. La prueba de puntaje para la asociación permite correctamente la incertidumbre en la inferencia de los genotipos en loci sin impuestos. También produce, como subproducto, una medida de la eficiencia del diseño del estudio en la prueba de cada locus, en comparación con un estudio en el que se escribe el locus directamente). Esta es la relación de observación para completar información en la prueba de puntuación. Esto se puede utilizar para evaluar la adecuación de un panel SNP de etiqueta, y para decidir si es probable que la genotipificación adicional de Loci sin pedazos ceda cualquier información adicional. HapMixMap requiere que se instale en su computadora. R es un programa de análisis estadístico gratuito

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