JTreeView es una herramienta práctica y fácil de usar diseñada para ayudarlo a ver los archivos de árboles. Este visor está limitado al formato Newick (o el formato de guardado personalizado, basado en Newick). Los árboles se pueden ver, ya que se enraizó o los nombres de nodos de nodo y nodo desanotados y no obstruidos y de todos los nodos y los nodos de hoja se pueden resaltar utilizando búsquedas de expresión regulares (punto rojo en árbol enraizado). Una característica interesante es la capacidad de cargar una alineación de secuencia que contiene las secuencias presentes en el árbol. Esto permite al usuario seleccionar un subárbol (rama) y examinar la alineación de las secuencias presentes en solo esa sucursal.
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