La pequeña mesa de trabajo de ARN de UEA Suite de herramientas para analizar pequeños datos de ARN de dispositivos de secuenciación de próxima generación
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El PEQUEÑO ARN Workbench de UEA es una aplicación desarrollada para ayudar a los biólogos analizar datos de SRNA de muestra únicos o múltiples de plantas y animales. Puede usar esta aplicación para identificar puntos de referencia interesantes (como la detección de nuevas secuencias de micro ARN) u otras tareas, como perfilar pequeños patrones de expresión de ARN en datos genéticos. Principales características: Removedor adaptador: elimina los fragmentos del adaptador de los datos de secuencia de lectura corta sin procesar y salidas datos a Formato Formato. Filtro : Produce una versión filtrada de un conjunto de datos SRNA, controlado por varios criterios definidos por el usuario, incluida la longitud de la secuencia, la abundancia, la complejidad, la transferencia y la eliminación de ARN ribosomal. MIRCAT (categorización de la MIRNA): predice Mirnas maduros y sus precursores de un conjunto de datos SRNA y un genoma. Siloco (comparación de locus de ARN interferente corta): compara los niveles de expresión de SRNA en múltiples muestras mediante la agrupación de SRNA en loci en función de la ubicación genómica. TA-SIRNA (ARN interferente de transformación trans-actuando): predicción de TA-SIRNAs fases en conjuntos de datos SRNA de plantas. MIRPROF (MIRNA Profiler): determina los niveles de expresión normalizados de SRNA que coinciden con Mirnas conocidos en Mirbase. Anotación de horquilla: genera una estructura secundaria a partir de una secuencia de ARN y destaca las regiones de interés utilizando RNAPLOT. VISSR (Visualización de SRNA): generar una representación visual de SRNA y características genómicas importadas por el usuario. PARESNIP: Identifique los objetivos de la MIRNA evidenciados a través del degradoma

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