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LAJ es una aplicación práctica y fácil de usar especialmente diseñada para ayudarlo a ver y manipular la salida de programas de alineación pares como Blastz. Puede mostrar DOTPLOT interactivo, PIP y representaciones de texto de las alineaciones, un diagrama que muestra las ubicaciones de los exones y las repeticiones, y los enlaces de anotación a otros sitios web que contienen información adicional sobre regiones particulares.

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