MADRE Estimación de árboles de especie utilizando la máxima probabilidad
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MADRE Clasificación y resumen

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análisis Estimación de costos Estimacion estimación de tiempo Estimación en movimiento máximo CFF3 estimación especies gene Especies de aves Estimación de software estimación de parámetros estimación de la disparidad Especies de cetacea crear especies generar especies Estimación de FDR Estimación de haplotipo árbol de especies monitor de especies estimación de rendimiento Creador de estimación Estimación de ósmosis Probabilidad jerárquica Estimación del árbol filogenético Estimación de parámetros modelo Gran estimación de la filogenia Estimación de filogenes grandes Longitud de rama árbol genético estimación del árbol Alelo máximo de probabilidad estimación del conducto Estimación de esfuerzo estimación de impresión Linkdepth máximo

MADRE Descripción

El tallo se desarrolló para ser un programa para inferir árboles de probabilidad máxima de probabilidad de una colección de genes estimados bajo el modelo coalescent. El programa devolverá el árbol ML exacto, calcular la probabilidad para un árbol especificado por el usuario, o buscará un conjunto de árboles más altos de probabilidad. El método para buscar el espacio de árboles es un algoritmo de recocido simulado. El tallo requiere varios archivos de entrada. El primero de estos es el archivo que da la información. Para los árboles genéticos, que deben llamarse GeneTrees.Tre. Este archivo contiene los árboles genéticos con longitudes de rama en Formato Newick. Los árboles genéticos deben estar enraizados y deben satisfacer el reloj molecular, aunque el programa no verifique esto (es probable que obtenga un error o se ejecutará de forma independiente si este no es el caso). Directamente delante de cada árbol de genes es un número dentro de los soportes cuadrados que proporcionan el multiplicador de tarifas para cada gen.

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