MMASS Varios módulos y herramientas para el manejo de la secuencia de proteínas y la interpretación de espectro de masas
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MMASS Descripción

Programa mMass presenta un paquete multi-plataforma de código abierto de herramientas sencillas para el análisis de los datos de espectrometría de masas. La aplicación mMass consiste en varios módulos y herramientas para la manipulación de secuencias de proteínas y la interpretación espectro de masas con especial atención en las tareas comunes de proteómica. Principales características: múltiple Formato de la ayuda: mMass es compatible con varios formatos de espectrometría de masas, como mzData y mzXML. Los espectros de masas o de datos lista de picos también se pueden importar fácilmente de archivos ASCII simples que constan de dos columnas (m / z valores y valores de intensidad) separados por una pestaña, espacio, coma o punto y coma. Además, hay un soporte para datos nativos de instrumentos Bruker Daltonic serie Flex. Una de las funciones más populares de mMass es la posibilidad de abrir un documento en blanco y crear lista de picos de forma manual. Esta característica es particularmente útil en aquellos casos en los que la imagen de espectro o lista impresa de picos marcados sólo está disponible. Procesamiento de Datos: Finalmente, hay procesando funciones tales como la recolección automática de pico, deisotoping, corrección de línea de base y suavizado. Calibración: métodos Dos están disponibles para la recalibración de datos. La calibración interna es el método de calibración clásico, utilizando los valores de referencia internos. Una amplia lista de valores de referencia internos está disponible y los nuevos valores se pueden añadir fácilmente. calibración estadístico, a veces llamado auto-calibración, es un método especial disponible para los espectros de masas de péptidos. Para ambos métodos, ya sea lineal o ajuste cuadrático se puede utilizar. Herramientas secuencia: mMass proporciona un editor de secuencias interna, que puede ser usado para hacer cualquier proteína o secuencia de péptido disponibles para otros módulos. Cualquier modificación se puede aplicar ya sea como fijo o variable. Protein herramienta Digesto se puede utilizar para generar una lista de péptidos resultantes de en enzimática silico o digestión química de secuencia de la proteína especificada. Del mismo modo, la herramienta de fragmentación de péptidos genera una lista de fragmentos de péptidos comunes. En ambos casos, todas las combinaciones posibles de modificaciones de variables se calculan y resultado se pueden comparar fácilmente con los datos medidos. Además, la secuencia se puede buscar para una masa específica de péptido por la herramienta de secuencia de búsqueda para identificar no específica de escisión etc. Calculadora de masa: Calculadora de masa herramienta se puede utilizar para simular patrón isotópico de fórmula dada y el espectro de perfil generado puede ser fácilmente comparado con datos reales. Compuesto Buscar: herramienta Búsqueda compuesta se puede utilizar para buscar cualquier compuesto especificado por el usuario en el espectro. Cada compuesto se especifica como fórmula molecular, por lo tanto, tanto monoisotopic o masa media pueden ser búsqueda con cualquier carga. Además, algunos productos de adición se pueden buscar también. Diferencias pico: La interpretación de los espectros de masas típicamente implica un cheque aparentemente interminable de las diferencias entre todos los picos en un espectro. Sin embargo, la herramienta de Diferencias pico es capaz de generar simplemente una tabla de todas las diferencias entre los picos en la lista de picos. Esta tabla puede ser utilizada para comparar automáticamente, dentro de una tolerancia especificada, cada diferencia con las respectivas masas de todos los aminoácidos, dipéptidos calculados o valor de masa especificado. mascota Buscar en: Aunque la espectrometría de masas es una herramienta muy popular para la identificación de proteínas, no sería posible sin las herramientas a disposición del público en línea. mMass proporciona una interfaz que permite que los datos sean enviados directamente a las tres principales herramientas disponibles en el sitio web de la mascota; Péptido masa de huellas dactilares, secuencia de consulta y MS / MS de iones de búsqueda.

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