Masschroq Software de cuantificación de cromatografía en masa
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Masschroq Clasificación y resumen

Masschroq Etiquetas

cromatograma cuantificación

Masschroq Descripción

Masschroq es un instrumento especializado y versátil que realiza cuantificaciones en los datos obtenidos de las técnicas de espectrometría de masa de cromatografía líquida (LC-MS). Masschroq también se puede utilizar para realizar alineaciones, extracciones XIC y detecciones máximas. Además, Masschroq se puede utilizar para: · Analizar los datos obtenidos de los sistemas de espectrómetro de alta y baja resolución; · Analice los datos marcados sin etiquetas y isotópicos (por ejemplo, Silac, ICAT, N-15, C-13, etc.); · Procese de manera el tiempo una gran cantidad de muestras analizadas de manera diferente en una toma (mediante la agrupación de muestras similares y ofreciendo la posibilidad de parametrizar el análisis de cada grupo). · Tener en cuenta los tratamientos complejos de datos como el fraccionamiento peptídico o proteína antes del análisis de LC-MS (SCX, SDS-PAGE, etc.); Principales características: Análisis de formatos de datos MZXML y MZML LC / MS. Cuantificación de todos los péptidos identificados de las muestras y / o una lista dada de valores de carga de masa (M / Z) y / o una lista determinada de (M / Z, tiempo de retención) pares de valores. Los péptidos identificados se pueden integrar automáticamente en el análisis de Masschroq mediante el uso de la tubería X! Tandem (que realiza la identificación y exporta los resultados en formato Masschroqml) o a través de los archivos TSV (valores separados por pestañas) que contienen los resultados de identificación obtenidos de otro software de identificación . Hay dos métodos de alineación disponibles: la alineación de obi-deformación de terceros basada en los datos de EM Nivel 1 se integra en Masschroq, y la alineación interna desarrollada de MS2 basada en la información de MS Nivel 2. La cuantificación en Masschroq se realiza en XIC (cromatogramas de iones extraídos): después de la extracción y filtración XIC, se detectan picos en ellos mediante el uso de transformaciones morfológicas (consulte el manual del usuario para obtener más información). Las áreas picos (es decir, el valor de cuantificación) y los límites se calculan. La coincidencia máxima se realiza (después de la alineación si alguna) de la siguiente manera: se asigna un pico detectado a un péptido identificado si y solo si el tiempo de retención (alineado) de este péptido se encuentra dentro de los límites máximos. La coincidencia máxima en Masschroq se puede realizar en dos rondas: una primera durante la cuantificación, y una vez que se termina la cuantificación, el usuario puede realizar una segunda ronda de coincidencia máxima mejorada, teniendo en cuenta los tiempos de retención de los picos comprometidos anteriormente. Varios filtros XIC están disponibles: Mover los filtros medianos / medias para suavizar la señal, fondo y filtros de eliminación de ruido de referencia, filtro anti-espiga para eliminar los picos causados ​​por algunos espectrómetros de alta resolución, filtros morfológicos, etc. El usuario puede exportar resultados en formatos TSV, GNUMERIC, XHTML y Masschroqml. Están listos para uso automático en software estadístico (como R) o para exploración manual / visual. La evaluación de Masschroq en datos complejos sin etiquetas, obtenidos de espectrómetros de masas de baja y alta resolución permitió la medición de CV baja para la reproducibilidad técnica (1,4%) y los altos coeficientes de correlación a la cantidad de proteínas (0.98)

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