Mcalign Alineación de secuencias de ADN no codificadas basadas en modelos explícitos de evolución de INDEL
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Alinear Alinear la secuencia secuencia de ADN Alineación de la secuencia de ADN

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La alineación confiable del ADN no codificante es difícil debido al patrón desconocido de los eventos de inserción / eliminación (INDEL). El número de diferencias de nucleótidos (que se muestran en rojo) difiere radicalmente entre las alineaciones alternativas, pero sin otra información, es imposible decir cuál es el más plausible. McAlign aborda este problema al alinear secuencias utilizando un modelo explícito de evolución de INDEL, y encuentra la alineación más probable para un par de secuencias, o tres secuencias de conocer la relación filogenética. El modelo de Evolution de Indel tiene dos parámetros: (1) Theta, las ineludas de frecuencia en relación con la frecuencia de sustitución de nucleótidos; (2) W, un vector de frecuencias relativas de los intelectuales de diferente longitud. Los modelos para algunos taxones se suministran, o el usuario puede configurar un nuevo modelo. McAlign es un programa basado en Monte Carlo que es capaz de alinear dos o tres secuencias. ¡Obtenga McAlign y trate de evaluar completamente sus capacidades!

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