Mesquite es una aplicación modular y extensible para la biología evolutiva, diseñada para ayudar a los biólogos organizar y analizar datos comparativos sobre organismos. Su énfasis está en el análisis filogenético, pero algunos de sus módulos se refieren a la genética de la población, mientras que otros hacen un análisis multivariado no filogenético. Mesquite también tiene muchas características para administrar y procesar datos, incluido el procesamiento de cromatogramas, alineación de secuencias, edición de datos morfométricos y otros.
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