Navegador Software de visualización de redes de interacción proteína proteica.
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Navegador Descripción

Navigator es una aplicación práctica y fácil de usar especialmente diseñada para ayudarlo a visualizar y analizar las redes de interacción de proteínas proteicas. El navegador puede consultar OPHID / i2D - bases de datos en línea de datos de interacción y redes de visualización en 2D o 3D. Para mejorar la escalabilidad y el rendimiento, el navegador combina Java con OpenGL para proporcionar un sistema de visualización 2D / 3D en múltiples plataformas de hardware. Esta herramienta también proporciona capacidades analíticas y admite formatos estándar de importación y exportación, como IR y la iniciativa de estándares de proteómica (PSI). Principales características: Navigator combina un sistema de visualización implementado en OpenGL con una interfaz gráfica de usuario y algoritmos analíticos implementados en Java. Las redes se pueden cargar desde un archivo (delimitado por pestañas, navegador XML, biopax o formatos PSI), o se pueden generar dinámicamente ejecutando una consulta visual a OPHID / i2D (base de datos de interacción intersologosa: una base de datos en línea de conocida, HTP, y las interacciones con proteínas-proteínas predichas para humanos, ratas, ratones, volar, gusanos y levaduras) o cpath. El espacio de trabajo del navegador admite varios paneles de red que se pueden manipular cortando, copiando y pegando nodos y bordes. Las redes se pueden exportar en formatos XML, PSI o PAJEK delimitado por la pestaña, PSI, PSI o PAJEK, y varios formatos gráficos (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF). Las redes se pueden ver en 2D y 3D. Los nodos se pueden posicionar utilizando una mezcla de diseño automático dirigido por fuerza y ​​colocación manual. Uno de los algoritmos de diseño automáticos utilizados es un algoritmo de diseño dirigido a la fuerza de varios niveles llamado agarre (dibujo gráfico con colocación inteligente) . Debido a la complejidad casi lineal del agarre, el navegador puede visualizar los interactomes completos de I2D. Las subredworks que están altamente interconectadas, y los nodos que son hubs (es decir, que interactúan con muchos otros nodos), se pueden identificar automáticamente para ayudar a analizar el análisis. Los grupos de nodos se pueden colapsar en nodos compuestos, ya sea manualmente, o de una manera automática. Los subconjuntos de una red pueden ser marcados y manipulados utilizando operaciones establecidas estándar, como unión, intersección y diferencia. La opacidad de los nodos y los bordes se puede ajustar para cambiar el contraste de los elementos en la red y enfatizar los elementos seleccionados.

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