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OPSM Miner Clasificación y resumen

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OPSM Miner Descripción

Este paquete proporciona un Proyecto de Información y Miner de OPSM. entrada - Archivo ASCII delimitado por pestañas. Las filas son tejidos, las columnas son expresiones genéticas. Una fila puede contener una columna de encabezado y su fila de encabezado. En cualquier caso, el número de columnas debe ser igual en todas las filas. - Una fila de encabezado y una columna pueden contener cualquier cadena, todos los demás valores deben contener números. - El tamaño de la matriz es T (tejidos) x g (expresiones genéticas). algoritmos y banderas El algoritmo está realizando comparación vertical DFS, lo que significa que se comparan dos expresiones genéticas. - "Use IN-CORE DUAL Compare" - Pre-construir todos los pares de vectores de expresiones, esto tomaría el tamaño de GXGXT en la memoria, así que asegúrese de que pueda adaptarse a la memoria. - "Soporte": el número de tejidos que contienen un patrón. Establezca el soporte de la aplicación para este número mínimo de tejidos que desea contener el patrón que está buscando. El establecimiento de un número muy alto producirá muy pocos patrones, un número muy bajo, y la minería podría no terminar (número exponencial de patrones). - "Min Longitud", "Longitud máxima": el tamaño de los patrones que está buscando. Establezca "Min Longitud", por lo que la aplicación no devolverá patrones muy cortos y no interesantes. Establezca "Longitud máxima" para reducir el tiempo de funcionamiento. - "Errores máximos", solo para OPSM con errores. OPSM busca patrones exactos. OPSM con errores cuentan con un tejido incluso si contiene un número X de genes que no se ajustan al patrón. - "Max Group Len": para OPSM con grupos, el patrón se compara entre grupos de genes en lugar de genes individuales. Por ejemplo, el patrón será: (0.40.60.4) (0.70.8) (0.90.95) - "Máxima capa Diff" - No recuerdo ... Cómo utilizar OPSM con algoritmo de capas Cuando se configura en capas, debe haber un archivo de definición de capas con el mismo nombre que el archivo de conjunto de datos, adjuntado con ".layers". Por ejemplo: Saltdat.txt Saltdat.txt.layers Formato de archivo: cada línea representan una capa. Cada capa es un rango de columnas: 0-56-10 ... ...

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