Opencdsurf Compute CD CAVITY ACCESIBILIDAD
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Opencdsurf Descripción

Opencdsurf se desarrolló especialmente como una herramienta de código abierto que puede calcular la accesibilidad de la cavidad en los derivados de ciclodextrina (CD). OPENCDSURF se desarrolló con el objetivo de procesar la producción de una trayectoria de dinámica molecular (MD), se convirtió anteriormente en una colección de archivos PDB. El programa identifica automáticamente cada CD individual en el archivo PDB, sin importar si está solo, derivado o incluido en aductos macromoleculares, y calcula la superficie accesible de disolventes de su cavidad. Para lograr esta tarea, cada cavidad del CD se llena por primera vez con átomos de oxígeno; Posteriormente, se invoca el algoritmo de EDTSURF desarrollado en el laboratorio de Zhang, que calcula la superficie accesible de disolventes (SAS) de estos átomos, teniendo en cuenta otros átomos finalmente presentes en el entorno que puede obstaculizar el acceso a la cavidad, por ejemplo. Los átomos de los monómeros de azúcar mismos, u otros restos que pueden estar conectados al núcleo de CD. Opencdsurf se controla a través de una interfaz de línea de comandos.

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