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Genoma población genética Genética de la población

Pgspider Descripción

PGDSPIDER se construyó utilizando el lenguaje de programación de Java como una aplicación de conversión para los programas de genética y genómica de la población. El software facilita las posibilidades de intercambio de datos entre programas para una amplia gama de tipos de datos (por ejemplo, ADN, ARN, NGS, microsatélite, SNP, RFLP, AFLP, datos multi-alelos, frecuencia de alelo o distancias genéticas). Además de los formatos de genética de la población convencional, PGDSPIDER integra los formatos de datos de la población genómica comúnmente utilizados para almacenar y manejar datos de secuenciación de próxima generación (NGS). Actualmente, PGDSPider no está destinado a convertir archivos NGS muy grandes a medida que se carga en la memoria, en todo el archivo de entrada, cuyo tamaño puede exceder la RAM disponible. Sin embargo, dado que PGDSPider permite a uno convertir subconjuntos específicos de estos archivos NGS en cualquier otro formato, uno podría usar esta función para calcular los parámetros o las estadísticas para regiones específicas, y así realizar el análisis de la ventana deslizante sobre las regiones genómicas grandes.

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