Phylip Un paquete de programas para inferir filogenias
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Phylip Clasificación y resumen

Phylip Etiquetas

árbol evolutivo parsimonia filogenia

Phylip Descripción

El paquete de inferencia de filogenia (PHYLIP) es un paquete de programas para inferir árboles evolutivos (filogenes). Los métodos que están disponibles en el paquete incluyen parsimonia, matriz de distancia y métodos de probabilidad, incluyendo bootstrapping y árboles de consenso. Los tipos de datos que se pueden manejar incluyen secuencias moleculares, frecuencias de genes, sitios de restricción y fragmentos, matrices de distancia y caracteres discretos. Los programas se controlan a través de un menú, que le pregunta a los usuarios qué opciones desean establecer, y les permite iniciar el cálculo. Los datos se leen en el programa desde un archivo de texto, que el usuario puede prepararse utilizando cualquier procesador de textos o editor de texto (pero es importante que este archivo de texto no esté en el formato especial de ese procesador de palabras, en su lugar debería estar en Formato "plano ascii" o "solo texto"). Algunos programas de análisis de secuencia, como el programa de alineación Clustalw, pueden escribir archivos de datos en formato PHYLIP. La mayoría de los programas buscan los datos en un archivo llamado "infile", si no encuentran este archivo, solicita al usuario que escriba el nombre del archivo del archivo de datos. La salida se escribe en archivos especiales con nombres como "Fallo" y "OUTTREE". Los árboles escritos en "OUTTREE" están en formato Newick, una norma informal acordó en 1986 por los autores de varios paquetes de filogenia importantes. ¡Obtenga Phylip y trate de evaluar completamente sus capacidades!

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