PHYML es una aplicación práctica y fácil de usar especialmente diseñada para ofrecer a los usuarios una herramienta para estimar grandes filogenes. Phyml es un software filogenia basado en el principio de máxima probabilidad. Las primeras versiones de Phyml utilizaron un algoritmo rápido para realizar intercambios de vecinos más cercanos (NNIS), para mejorar una topología de árbol de partida razonable.
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