SEMPHY se desarrolló para ser una herramienta para la reconstrucción filogenética intensiva por datos. SEMPHY infiere las filogenias por máximo la probabilidad, el criterio más establecido para encontrar el árbol filogenético correcto. SEMPHY busca tanto la topología más probable del árbol evolutivo, y las longitudes óptimas de sus ramas. Utiliza el paradigma algorítmico de EM estructurales en un nuevo método computacional para la inferencia filogenética, lo que hace que la computación sea efectiva y eficiente: SEMPHY puede manejar conjuntos de datos muy grandes con una buena precisión y un tiempo de funcionamiento razonable. Nos referiremos al procedimiento de EM como el "Paso SEMPHY". Todos los usos de SEMPHY son llamando al ejecutable SEMPHY desde un símbolo del sistema con algunos parámetros: SEMPHY
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