Simba SIMBA - Explore el comportamiento de su gen o conjuntos de genes favoritos
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Simba Clasificación y resumen

Simba Etiquetas

análisis gene Genoma análisis del genoma análisis genético analizar el gen

Simba Descripción

El sitio de la levadura SIMBA permite la exploración interactiva de un compendio a gran escala de datos de diversos experimentos de alto rendimiento. Puede explorar el comportamiento de su gen o conjuntos de genes favoritos, compare la actividad de varios módulos funcionales en diferentes condiciones experimentales o pruebe las relaciones entre los programas de expresión génica, las interacciones proteicas y los perfiles de enlace del factor de transcripción. El algoritmo de Simba divide los genes y las propiedades (generalmente un punto de tiempo o condición en un experimento, un micromatriz de ADN) en los bi-clústeres ("BICS") compuesto por genes y propiedades, de modo que los genes se comporten de manera similar en ese grupo de condiciones. Las BIC pueden superponerse (en genes, condiciones, o ambos), y un gen puede estar presente en varias BIC, ya que puede ser similar a un grupo de genes en condiciones A-G y a un conjunto diferente de genes en condiciones en condiciones H-M. Las propiedades pueden ser cualquier cosa que se pueda obtener a partir de experimentos de ancho genoma: el nivel de expresión de ARN, hace o no interactúa físicamente, sí o no interactúa genéticamente, es o no es resistente a un medicamento determinado, etc.

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