Simcoal Simule la diversidad genética molecular con la ayuda de esta herramienta.
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Simcoal Clasificación y resumen

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Simcoal Descripción

Simcoal es una aplicación práctica y fácil de usar especialmente diseñada para ayudarlo a simular la diversidad genética molecular en un número arbitrario de poblaciones haploides examinadas para un conjunto de loci completamente vinculados. Se basa en el enfoque retrospectivo coalescente descrito inicialmente por Kingman (1982B; 1982A), y claramente expuesto en una serie de otros documentos (Ewens 1990; Hudson 1990; Donnelly y Tavaré 1995). El enfoque atrasado coalescente no simula la historia genética de toda la población, como en las simulaciones avanzadas convencionales, sino que reconstruye la genealogía del génica (Historia de los coalescentes) de muestras de genes extraídos de diferentes Demes en una población. Para los genes neutrales, este proceso coalescente depende esencialmente de la historia y de la demografía de la población, y es independiente del proceso mutacional. Este programa simula mutaciones a partir del ancestro común más reciente (MRCA) de todos los genes en la muestra, y agregarlos de forma independiente en todas las ramas de la genealogía asumiendo un proceso de Poisson uniforme y constante. Usando este enfoque de dos etapas (mutación de la mutación), muchas réplicas de muestras haploides de secuencias de ADN, RFLP o datos de microsatélite se pueden simular muy rápidamente. El análisis de una gran cantidad de muestras simuladas permite que uno obtenga la distribución empírica de prácticamente cualquier estadística que pueda derivarse de datos genéticos, incluidas las estadísticas para las cuales no hay disponible derivación analítica (Hudson 1993). Las aplicaciones típicas del programa incluyen el estudio del efecto de las demografías complejas sobre el patrón de diversidad genética dentro y entre las poblaciones, como en el caso de cuellos de botella, casos complejos de mezcla o sistemas de metapopulación. Si bien esta aplicación genera muestras haploides de genes o haplotipos, los datos diploides se pueden generar bajo la hipótesis del equilibrio Hardy-Weinberg tomando pares aleatorios de haplotipos para formar genotipos diploides

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