Spindel Workbench Adquirir un método para la identificación de especies en todos los dominios de la vida utilizando el análisis multiplex.
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Spindel Workbench Clasificación y resumen

Spindel Workbench Etiquetas

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Spindel Workbench Descripción

El Spindel es un enfoque alternativo para la identificación biológica basada en la longitud de las regiones del gen ribosomal (RRNA). En general, las alineaciones de las secuencias de genes de RRNA primario de diferentes especies muestran regiones alternas de conservación y variación de nucleótidos, tanto en términos de sustituciones de nucleótidos (comúnmente llamadas "SNP") y eventos de inserción / eliminación (Indel). La presencia de INDELS da como resultado secuencias de diferentes longitudes e introduce brechas en la alineación, típicamente denotada por un tablero "-". Nuestro concepto para la identificación biológica utiliza las secuencias de genes de RRNA de la siguiente manera: Las regiones conservadas se utilizan para definir segmentos variables ("regiones hipervariables del spindel") en las que una combinación de longitudes de secuencia es característica de cada especie (un "perfil de spindel"). Por lo tanto, cada especie puede definirse por un perfil numérico único. En teoría, una encuesta de solo 6 regiones hipervariables con 20 alelos cada uno (o 11 regiones con 5 alelos cada uno) es suficiente para discriminar todas las especies eucariotas en la Tierra, que se estiman en entre 5 y 15 millones en número. En la práctica, Spindel es capaz de discriminar el 93.3% de las especies eucariotas con baja variación intraespecífica y una alta resolución filogenética.

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