Sweblast

divide una secuencia de consulta, o secuencias
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Sweblast Clasificación y resumen

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  • Freeware
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  • Mathieu Fourment
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  • 8 KB

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Sweblast Descripción

SweBlast (Windoid Windows Web-Blass Blast) es un programa de línea de comando escrito en PERL para usar en Windows, Linux y Mac. El componente principal de SWEBLAST.PL, dividirá una secuencia de consulta, o secuencias, suministrada en un formato FASTA, en una serie de subsecuencias de la longitud y superposición elegidas, y le envía sucesivamente a la instalación de Blast GenBank. Los resultados de la búsqueda se recopilan en un solo archivo, Blast.TXT, en una subcarpeta. Esto se analiza mediante el segundo componente, SWEBLAST_PARSER.PL, y los resultados se colocan en una subcarpeta como una serie de archivos CSV que se examinarán utilizando un programa estándar de hoja de cálculo, como Excel. Para ver los argumentos u opciones disponibles, se puede ejecutar el programa usando la opción -help perl sweblast.pl -help -Help o -H: Muestra este mensaje. -Enput o -I: Archivo de entrada (datos). -Output o -o: carpeta de salida (opcional). -Window o -W: Longitud de la ventana predeterminada 100 (opcional). -Step o -s: Duración del paso - Predeterminado 50 (opcional). -DataBase O -D: Base de datos GenBank que se buscará: NR predeterminada (opcional). -Programa o -P: Programa a utilizar: Blastn, Blastp, Blastx - Blastn predeterminado (opcional). -Expecificar o -e: espere (opcional). -Entrez o -Q: Consulta de Entrez (opcional) Comando Boolean para limitar la búsqueda de Blast (por ejemplo, "" Virus no de patata virus y "). -Parse o -R: para llamar a sweblast_parser.pl (opcional). -Cutoff o -C: los golpes de descarte con un valor electrónico mayor (opcional). O use el menú interactivo ejecutando el programa sin argumentos y siga el mensaje: perl sweblast.pl


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