Técnica SVM para evaluar péptidos proteotípicos. STEPP es una herramienta de péptidos proteotípicos de evaluación.
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Técnica SVM para evaluar péptidos proteotípicos. Clasificación y resumen

Técnica SVM para evaluar péptidos proteotípicos. Etiquetas

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Técnica SVM para evaluar péptidos proteotípicos. Descripción

El software STEPP contiene una implementación de una SVM capacitada (máquina de vector de soporte) que puede calcular una puntuación que representa cómo "proteotípico" un péptido es por LC-MS. El programa puede leer un archivo de proteínas, realice una digestión en sílice y calcule la puntuación de observabilidad para cada péptido tríptico o probatico. Tenga en cuenta que las puntuaciones más grandes (positivas) significan que se predice que un péptido es más proteotípico, mientras que las puntuaciones más bajas (negativas) significan que no se predice que el péptido sea proteotípico. El modelo SVM utilizado por STPP es un espacio descriptor simple basado en 35 propiedades del contenido de aminoácidos, la carga, la hidrofilicidad y la polaridad de la predicción cuantitativa de péptidos proteotípicos. El modelo fue capacitado y validado con tres bases de datos AMT de origen independientemente (Shewanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). El SVM resultó en una medida de precisión promedio de ~ 0.8 con una desviación estándar de menos de 0.025.

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