Taller calcula árboles filogenéticos de secuencias moleculares
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Taller Descripción

La aplicación TreeFinder calcula árboles filogenéticos de secuencias moleculares. El programa infiere incluso árboles grandes por la máxima probabilidad bajo una variedad de modelos de evolución de la secuencia. Acepta los datos de nucleótidos y aminoácidos y tiene en cuenta la heterogeneidad de la tasa. Se pueden asumir modelos separados para particiones de datos definidas por el usuario, velocidades separadas, longitudes de borde separadas, composiciones de caracteres separadas. Todos los parámetros se pueden estimar a partir de los datos. La búsqueda de árboles se puede guiar por restricciones topológicas suministradas por el usuario y arrancar árboles. Hay un proponente modelo para proponer modelos apropiados de evolución de la secuencia. La confianza de los árboles inferidos se puede evaluar mediante bootstrapping paramétrico y no paramétrico, varias pruebas de sitios emparejados (ELW, BP, KH, SH, WSH, AU), también en combinación con criterios de información, soporte de borde por LR-ELW. Hay herramientas para manipular árboles y datos de secuencia, visualizar frecuencias de base, computar consenso y distancia, topologías de conteo. Los límites de confianza y otras estadísticas se pueden obtener para todos los resultados numéricos. El programa puede estimar los tiempos de divergencias por alisado de velocidad. Una interfaz de usuario gráfica hace que el uso de TreeFinder sea muy intuitivo. Los archivos de datos y los parámetros de reconstrucción se pueden elegir de forma interactiva, los resultados se mostrarán en la pantalla. TreeFinder es programable en el lenguaje funcional y de programación independiente del sistema TL, que ofrece una amplia gama de funcionalidad y permite al investigador crear aplicaciones específicas de problemas. Las partes del software están escritas en TL y pueden ser modificadas por el usuario. Idioma de árbol TL es un lenguaje de programación de propósito general con numerosas herramientas especializadas para manejar datos biológicos. Sirve como una interfaz de programación del programa Treefinder. Este manual está dando una visión general de TL. Lo que hace que TL sea diferente de otros idiomas de programación es que admite una variedad de estilos de programación. En cualquier momento, un programador puede elegir el estilo de programación que es el más poderoso en una situación dada.

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