Voroprot Una herramienta para el análisis de las características geométricas de la estructura de proteínas
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Voroprot Clasificación y resumen

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Voroprot Descripción

La capacidad de analizar y visualizar las características geométricas de la estructura de proteínas tridimensionales (3D) es fundamental para los estudios de plegado de proteínas, embalaje de residuos, acoplamiento, interacciones proteínas-proteínas, etc. Algunas de las estructuras de datos geométricas avanzadas hacen posible realizar tal Un análisis de manera integral. Con este objetivo en mente, hemos desarrollado Voroprot, una herramienta interactiva para el análisis de las características geométricas de la estructura de proteínas. En particular, decidimos proporcionar algunos de los métodos geométricos, no incluidos en otros paquetes de software similares. Voroprot Construye y muestra el diagrama de Apollonius (también conocido como diagrama de esferas Voronoi) y el gráfico de Apollonius (también conocido como triangulación de esferos de Delaunay) de átomos de proteínas, considerando que cada átomo es una esfera 3D del radio de Van der Waals. Voroprot deriva las superficies de contacto de los átomos de proteínas y las superficies accesibles en el solvente desde el diagrama Apollonius y permiten su visualización. Además, puede encontrar y mostrar cavidades dentro de la estructura de la proteína. Para construir el diagrama de Apollonius en Voroprot, utilizamos nuestra propia implementación del algoritmo, que se puede aplicar no solo para los átomos de proteínas, sino también para cualquier conjunto de puntos o esferas en 3D. ¡Dale a Voroprot un intento de evaluar completamente sus capacidades!

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