Vplg

Calcular y visualizar gráficos de proteínas
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Vplg Clasificación y resumen

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  • Freeware
  • Nombre del editor:
  • Tim Schafer
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  • 6.6 MB

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Vplg Descripción

VPLG, o la visualización de los gráficos de proteínas-ligandos es una herramienta que utiliza un modelo basado en gráficos para describir la estructura de las proteínas en el nivel de estructura súper secundaria. Un gráfico de proteína-ligando se calcula a partir de las coordenadas atómicas en un archivo PDB y las asignaciones de estructura secundaria del algoritmo DSSP. En este gráfico, los vértices representan elementos de estructura secundaria (SSE, por ejemplo, hélices alfa y hojas beta) o moléculas de ligando, mientras que los bordes modelan contactos y relaciones espaciales entre ellos. VPLG está escrito en Java utilizando la Biblioteca Apache Batik para la salida SVG y se puede ejecutar en varias plataformas. Principales características: lee los datos del átomo tridimensional de los archivos PDB y las asignaciones de estructura secundaria de los archivos DSSP calcula un gráfico de proteína de los datos y visualiza el gráfico Soporta la salida de las imágenes del gráfico en formatos de mapa de bits (.png) y vector (.svg) Exporta gráficos de proteínas-ligandos en un archivo de texto simple en su propio formato (.PLG) que es fácil de editar, analizar y generar con un programa de computadora puede leer y visualizar directamente los gráficos de proteínas de los archivos .PLG


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