Wh Un programa de computadora que lleva a cabo el ajuste de un modelo de especiación
Descargar ahora

Wh Clasificación y resumen

Wh Etiquetas

Modelo de computadora Dell secuencia apropiado normales secuencia de ADN adecuado análisis de ADN ADN Conexión estocástica Especiación Parapárea modelo de aislamiento aislamiento Ajuste de datos accesorio de superficie

Wh Descripción

WH se desarrolló para ser un programa informático que realiza la adaptación de un modelo de especiación y realiza pruebas de la calidad del ajuste de ese modelo. El modelo de especiación se llama el modelo de aislamiento, y es uno sin flujo de genes. Con datos de secuencia de ADN comparativos de cada una de las dos especies estrechamente relacionadas, el método permite una estimación del tiempo desde la especiación y el tamaño de las especies ancestrales. El modelo de aislamiento asume lo siguiente: - Dos especies, o poblaciones, a partir de las cuales se han muestreado los datos, surgieron de una sola especie ancestral, o población, algún tiempo, generaciones, en el pasado. - Las especies ancestrales comunes, o la población era de un tamaño de tamaño efectivo constante. - Las dos especies descendientes (poblaciones) tienen tamaños efectivos constantes N1 y N2, respectivamente. - Excepto por el momento de la separación de la población en el tiempo t, los tamaños de población son constantes. - Dado que la separación de la población, existe cero flujo genético entre las especies (poblaciones). - Todas las mutaciones son neutrales. El archivo del programa debe residir en la misma carpeta que el archivo de datos o en una carpeta buscada automáticamente por el sistema operativo. El programa se puede ejecutar utilizando los parámetros de línea de comandos, o simplemente escribiendo el nombre del programa ('wh'). Si no se usan los parámetros de la línea de comandos, el programa solicita los valores de los parámetros de tiempo de ejecución. El usuario inicia el programa simplemente yendo a la carpeta donde existe el archivo de datos y escribiendo el nombre del programa (por ejemplo, 'sitios') seguido de la tecla Intro. El programa hace varias preguntas sobre el archivo de datos y el análisis deseado. Casi todos los comandos y opciones también se pueden ingresar utilizando los parámetros de la línea de comandos. El programa se puede iniciar con o sin el uso de instrucciones en la línea de comandos. Sin las instrucciones de la línea de comandos, simplemente escriba 'wh' en el indicador. El programa solicitará información básica. En un PowerPC, al hacer clic en el icono del programa se abre una ventana pequeña en la que se pueden ingresar los parámetros de la línea de comandos. El usuario también puede simplemente presionar la devolución en este punto y el programa solicitará parámetros de tiempo de ejecución. Parámetros de línea de comando: Escriba y entra wh -d'datafilename '-r'resultsfileName' -n'numsims '-l'ldtype' -A'RANSEED ' Donde: 'DataFileName' es el nombre de un archivo de datos que está en la misma carpeta que el programa 'ResultadosFilename' es el nombre del archivo que se creará para contener los resultados. El archivo de resultados se generará con una extensión de '.WH' 'NumSims' es un número entero del número de simulaciones a ejecutar. El ajuste del modelo básico no requiere simulaciones. Si este valor no es cero ni en blanco, el archivo de datos debe tener la información necesaria sobre las tasas de recombinación. 'LDTYPE' le dice al programa qué tipo de valor de desequilibrio de enlace para calcular. Esta opción requiere que se realicen simulaciones, y que el archivo de datos incluya información sobre la recombinación y los valores de LD observados. 'LDTYPE' debe corresponder a la medida del desequilibrio de enlace usado para generar el archivo de datos. 'LDTYPE' puede asumir los siguientes valores: 'R' invoca el coeficiente de correlación 'S' invoca R ^ 2, el cuadrado del coeficiente de correlación 'D' invoca la medida básica de desequilibrio gamética D 'P' invoca la D 'que es igual a D / Dmax, donde Dmax es el valor máximo posible de D dadas las frecuencias de alelo observado. 'B' invoca el valor absoluto de D, | D | 'RANSEED' es una semilla de números aleatorios y generalmente no se requiere a menos que el usuario quiera repetir las simulaciones exactamente.

Wh Software relacionado