jmotu Análisis de datos de secuencia de ADN de código de barras se hizo fácil.
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jmotu Descripción

JMOTU es un paquete práctico y fácil de usar especialmente diseñado para ayudarlo a acumular datos de secuencia de ADN de código de barras en unidades taxonómicas operativas moleculares (MOTU). Si no está seguro de qué es un MOTU, consulte las páginas de códigos de barras de ADN en nuestro sitio web. JMOTU hace lo siguiente: · Lee secuencias de entrada en formato FASTA o NEXUS · Calcula las distancias entre pares de secuencias que utilizan una combinación de explosión y el algoritmo de alineación global exacto de la necesidad. · Clusters de las secuencias de entrada en Motu utilizando varias medidas de corte JMOTU puede procesar grandes conjuntos de datos y utiliza una serie de pasos de filtrado para minimizar el número de alineaciones globales exactas que deben realizarse. Al calcular las distancias de pares, JMOTU ignora las brechas y cuenta solo las coincidencias de nucleótidos, lo que hace que sea relativamente robusto para las secuencias de errores causadas por las carreras de homopolímero. La agrupación se lleva a cabo utilizando un algoritmo codicioso que no depende de la orden de la secuencia de entrada. JMOTU se ha probado en conjuntos de datos crudos de alrededor de 50,000 secuencias de entrada, y pueden agrupar conjuntos de datos más grandes mediante la presentación de preclusiones de los subconjuntos de datos antes de combinarlos para un análisis global.

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