pknotsrg Utilidad de coincidencia de ARN plegable y termodinámica.
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pknotsrg Descripción

PknotsRG es una herramienta para plegar estructuras secundarias de ARN, incluida la clase de simples pseudoknots recursivos simples. El programa se ejecuta en el espacio O (N ^ 4) y O (n ^ 2), por lo tanto, su aplicación aquí en el bibiserv se limita a secuencias de longitud de hasta 800 bases. Los parámetros de energía para estructuras que contienen no pseudoknots son los mismos que en el Mfold 3.1 real. La temperatura de plegado se fija a 37C. Actualmente, hay tres modos diferentes disponibles: PknotsRG-MFE: calcula la estructura de S (anudada o no) de energía libre mínima. PknotsRG-ENF: Aplica un pseudoknot: ofrece la mejor estructura completa de S que incluye al menos un pseudoknot en algún lugar. PknotsRG-LOC: ofrece el mejor pseudoknot local que puede ser elemento de cualquier estructura de S, donde "mejor" se define por energía libre por nucleótido. El resto de S permanece desplegado ¡Consigue PkknotsRG y llévelo para ver lo que realmente puede hacer por usted!

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