Simulador de desplazamiento de cadena de ADN

Un simulador de línea de comandos para circuitos de ADN
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Simulador de desplazamiento de cadena de ADN Clasificación y resumen

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  • Microsoft Research
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Simulador de desplazamiento de cadena de ADN Etiquetas


Simulador de desplazamiento de cadena de ADN Descripción

Recientemente, se ha implementado una gama de circuitos de procesamiento de información en el ADN utilizando el desplazamiento de la cadena como su principal mecanismo computacional. Los ejemplos incluyen circuitos lógicos digitales y circuitos de amplificación de señales catalíticas que funcionan como detectores moleculares eficientes. Como surgen los nuevos paradigmas para el cálculo de ADN, el desarrollo de idiomas y herramientas correspondientes para estos paradigmas ayudará a facilitar el diseño de circuitos de ADN y su compilación con secuencias de nucleótidos. Presentamos un lenguaje de programación para diseñar y simular circuitos de ADN en los que el desplazamiento de la cadena es el principal mecanismo computacional. El lenguaje incluye elementos básicos de dominios de secuencia, toeholds y migración de ramas, y supone que las hebras no poseen ninguna estructura secundaria. El idioma se usa para modelar y simular una variedad de circuitos, que incluyen una puerta catalítica impulsada por entropía, un motivo de puerta simple para sintetizar circuitos a gran escala y un esquema para implementar un sistema arbitrario de reacciones químicas. El idioma es un primer paso hacia el diseño de herramientas de modelado y simulación para el desplazamiento de la cadena de ADN, que complementa el surgimiento de las novedosas estrategias de implementación para la computación de ADN. La aplicación del simulador de desplazamiento de Strand de ADN se desarrolló para ser un simulador de línea de comandos para los circuitos de ADN.


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