Algoritmo :: Needlemanwunsch Algoritmo :: Needlemanwunsch es una alineación de secuencia con puntuación configurable.
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Módulo perl alineación secuencia alineación de secuencia Puntuación configurable

Algoritmo :: Needlemanwunsch Descripción

Algoritmo :: Needlemanwunnsch es una alineación de secuencia con puntuación configurable. Algoritmo :: Needlemanwunsch es una alineación de secuencia con puntuación configurable. HSYNOPSIS Use algoritmo :: Needlemanwunsch; Sub Puntaje_sub {if (! @_) {return -2; # Penalización de GAP} Devolución ($ _ EQ $ _ )? 1: -1; } My $ matcher = algoritmo :: Needlemanwunsch-> Nuevo (Puntuación_sub); My $ Puntor = $ matcher-> Align (@a, @b, {align => on_align, shift_a => on_shift_a, shiff_b => on_shift_b, select_align => on_select_align}); La alineación de la secuencia es una forma de encontrar puntos en común en dos ( o más) secuencias o cadenas similares de algunos artículos o caracteres. Ejemplo de motivación estándar es la comparación de las secuencias de ADN y sus similitudes y diferencias funcionales y evolutivas, pero el problema tiene una aplicabilidad más amplia, por ejemplo, encontrar la subsecuencia común más larga (es decir, DIFF) es un caso especial de alineación de secuencia. Conceptualmente, secuencia La alineación funciona marcando todas las alineaciones posibles y eligiendo la alineación con la puntuación máxima. Por ejemplo, las secuencias A T C T y T G A T pueden ser secuencias alineadas A: A T C - T | | | SECUENCIA B: - T G A SECUENCIA A: - - A T C T | | SECUENCIA B: T G A T - - (y exponencialmente muchas otras formas, por supuesto). Tenga en cuenta que Needleman-Wunsch considera alineaciones globales, durante toda la longitud de ambas secuencias; Cada artículo está alineado con un elemento de la otra secuencia, o corresponde a un espacio (que siempre está alineado con un elemento: alinear dos brechas no ayudaría a nada). Este enfoque es especialmente adecuado para comparar secuencias de longitud comparable y algo similar a lo largo de toda su longitud, es decir, sin tramos largos que no tienen nada que ver entre sí. Si sus secuencias no cumplen con estos requisitos, considere utilizar la alineación local, que, estrictamente hablando, no es la necesidad, pero es lo suficientemente similar como para que se pueda implementar en este módulo. Vea a continuación para obtener detalles. En el ejemplo anterior, La segunda alineación tiene más brechas que las primeras, pero quizás sus A son estructuralmente importantes y usted desea que se alineen tanto que todavía prefiera la segunda alineación. A la inversa, si C es "casi lo mismo" que G, podría ser la primera alineación que coincide con mejor. Needleman-Wunsch formaliza tales consideraciones en una matriz de similitud, asignando recompensas a cada una (ordenada, pero la matriz es normalmente simétrica para que el orden no importa) un par de elementos de secuencia posibles, más una penalización de brechas, cuantificando la conveniencia de una brecha. en una secuencia. Una preferencia de los emparejamientos sobre las brechas se expresa por un mínimo (en relación con los valores de la matriz de similitud, normalmente negativa) la penalización de la brecha. La puntuación de alineación se define entonces como la suma, sobre las posiciones donde al menos una secuencia tiene un artículo, de la similitud. Valores de matriz indexados por el primer y segundo elemento (cuando ambos están definidos) y sanciones de espacio (para artículos alineados con un espacio). Por ejemplo, si S es la matriz de similitud y G denota la penalización de la brecha, la secuencia de alineación A: Secuencia AATTCC B: A - - - T CHAS Puntuación S + 3 * G + S + S . Cuando la penalización de la brecha es 0 y la similitud una matriz de identidad, es decir, asignando 1 a cada partido y 0 a cada desajuste, Needleman-Wunsch se reduce para encontrar la subsecuencia común más larga. El algoritmo para maximizar la puntuación es Una aplicación estándar de programación dinámica, calculando la puntuación de alineación óptima de las secuencias vacías y de 1 elemento y la construyó hasta que se tomen en cuenta las secuencias de entrada. Una vez que se conoce la puntuación óptima, el algoritmo se remonta a encontrar las posiciones de separación. Tenga en cuenta que, si bien la puntuación máxima es obviamente única, la alineación que la tiene en general no lo es; La interfaz de esta módulo permite que la aplicación de llamadas elija entre diferentes alineaciones óptimas. Requisitos: · Requisitos de Perl: · Perl

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