Alineado AlignAid es un módulo PERL que ejecuta fácilmente alineaciones de secuencia localmente o en un clúster.
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Alineado Clasificación y resumen

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Alineado Descripción

Aliñado es un módulo Perl que ejecuta fácilmente alineaciones de secuencia a nivel local o en un clúster. AlignAid es un módulo Perl que ejecuta fácilmente alineaciones de secuencia a nivel local o en un clúster.Synopsis. Use AlignAid; # Crear un objeto alignaid # una sola trabajo de explosión de ejecución local es el valor predeterminado My $ trabajo = alignAid-> nuevo (db => 'my_blast_db', dir => $ DIR, FASTA => 'MY_QUERY.FA', PROG_ARGS => 'V = 20 -nonnegok'); # ejecutar el trabajo en el anfitrión actual My $ return_value = $ trabajo-> enviar (Outfile => 'My_Results.out'); # Crear un objeto Cross_match de AlignAid # Especifique el programa de alineación y la cola para anular los valores predeterminados My $ Job2 = AlignAid-> Nuevo (Program => 'Cross_match', DB => 'my_db.fa', dir => $ DIR, FASTA => 'my_query_seqs.fa', cola => 'lsf'); # Envíe los trabajos de cross_match a una cola de LSF (de los nodos de cómputo) My $ retorn_value2 = $ job2-> enviar (Outfile => 'My_Output'); # Mata a los trabajos en cola My $ retorn_value3 = $ job2-> kill_all; Alignaid está diseñado para facilitar la ejecución de los programas de alineación de la secuencia, Blast and Cross_Match. Alinetaid puede aceptar un gran número de secuencias de consulta. Si se dispone de una cola de clúster de cómputo, como LSF o PBS, Aliñado puede dividir automáticamente las consultas en múltiples trabajos de cola. Si desea ejecutar las alineaciones localmente en un solo host, un solo cambio es todo lo que es necesario: AlignAid se encargará de cómo invocar los programas de alineación y administrar la salida. El Soporte también tiene soporte rudimentario para el control de empleo de la cola LSF; Es posible matar trabajos a través de la interfaz de AlignAID. Lo que está nuevo en esta versión: · Perl

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