BIO :: DB :: SEQFeature :: Store BIO :: DB :: SEQFeature :: Store es un módulo PERL para el almacenamiento y la recuperación de datos de anotación de secuencia.
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BIO :: DB :: SEQFeature :: Store es un módulo PERL para el almacenamiento y la recuperación de datos de anotación de secuencia. Bio :: DB :: SeqFeature :: Store es un módulo Perl para el almacenamiento y la recuperación de datos de anotación de secuencia. HSYNOPSIS Use BIO :: DB :: SEQFeature :: Tienda; # Abrir la base de datos de características My $ db = bio :: db :: seqfeature :: store-> nuevo (-adaptor => 'dbi :: mysql', -dsn => 'dbi: mysql: prueba', -wis =>> 1); # obtener una característica de algún lugar My $ Feature = Bio :: SeqFeature :: Genric-> Nuevo (...); # almacenarlo $ db-> tienda ($ característica) o morir "¡No se pudo almacenar!"; # ID principales de la función se cambia para indicar su número de identificación principal en la base de datos ... My $ ID = $ Característica-> primular_id; # Recuperar la función My $ F = $ DB-> Fetch ($ ID); # Cambiar la función y actualizarlo $ F-> Iniciar (100); $ db-> actualización ($ f) o morir "¡No se pudo actualizar!"; # Buscando ... # ... por id my @features = $ db-> fetch_many (@list_of_ids); # ... by Name @features = $ db-> get_features_by_name ('zk909'); # ... by alias @features = $ db-> get_features_by_alias ('sma-3'); # ... por tipo @features = $ db-> get_features_by_name ('gen'); # ... por ubicación @features = $ db-> get_features_by_location (-seq_id => 'chr1', - start => 4000, -end => 600000); # ... by atribute @features = $ db-> get_features_by_attribute ({description => 'protein quinasa'}) # ... by the gff "nota" field @result_list = $ db-> búsqueda); notas ('quinasa'); # ... por combinaciones arbitrarias de selectores @features = $ db-> características (-name => $ nombre, -tipo => $ TIPOS, -SEQ_ID => $ SEQID, -Start => $ START, -END => $ End, -attributes => $ atributos); # ... usando un iterador My iterator = $ db-> get_seq_stream (-name => $ nombre, -tipo => $ TIPOS, -SEQ_ID => $ SEQID, -Start => $ START, -END => $ fin, -attributes => $ atributos); Mientras (mi característica de $ = $ ITERADOR-> SIGUIENTE_SEQ) {# Haz algo con la característica} # ... Limitando la búsqueda a una región en particular My $ segmento = $ db-> segmento ('chr1', 5000 => 6000) ; my @features = $ segmento-> Características (-TyPe => ); # Obtener y almacenar información de secuencia # ADVERTENCIA: Esto devuelve una cadena, y no un objeto PRIMERSEQ $ DB-> Insertar_Sequence ('CHR1', 'GATCCCCCGGGGATCCAAAAAAA ...'); My $ secuencia = $ db-> fetch_equence ('chr1', 5000 => 6000); # Crear una nueva característica en la base de datos MY $ DB-> New_Feature (-Primary_Tag => 'MRNA', -SEQ_ID => 'chr3', -start => 10000, -end => 11000); # Cargue un archivo GFF3 completo, usando el cargador GFF3 ... My $ loader = bio :: db :: seqfeature :: store :: gff3loader-> nuevo (-store => $ db, -verbose => 1, -fast => 1); $ cargador-> carga ('./ my_genome.gff3'); Requisitos: · Perl

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