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Módulo perl genérico gene gmod genérico Gmod

BIO :: GMOD :: GENICGENEPAGE Descripción

Clase base Gmod Gen Página base BIO :: GMOD :: GENICGGENEPAGE es una clase de Perl abstracta para facilitar la base de las bases de datos de organismos del modelo (MODS) para satisfacer un XML simple que describa los atributos de sus modelos genéticos. Para implementar esto, el usuario necesita para subclase BIO :: GMOD :: GENICGENEPAGE y proporcione los métodos que se enumeran a continuación como clases abstractas. Luego, estos métodos son utilizados por el método Render_XML para crear XML para un gen dado. Hay una implementación de ejemplo incluida con esta distribución, BIO :: GMOD :: GENICGGENEPEPEGE :: Chado, que es un adaptador de Chado para una base de datos de levadura derivada de SGD GFF3. Para implementar esto para otra base de datos de Chado, debe ser bastante fácil modificar los métodos proporcionados para crear su propio adaptador. Por ejemplo, ParameciumDB podría subclase BIO :: GMOD :: GENICGENEPAGE :: Chado y Crear BIO :: GMOD :: GENICGENEPEGE :: Chado :: ParameciumDB y solo anula los métodos Data_Provider y Organismos para tener un adaptador de trabajo. Las bases de datos que no se basan en Chado solo tendrán un trabajo un poco más, para implementar todas las clases abstractas en Bio :: Gmod :: GenicGenepage. Otra vez que se incluye la implementación de ejemplo, CXGN :: Phenome :: GenicGenEpage, sin embargo, esto es solo un parcial Implementación y no funcionará con la versión actual de Bio :: GMOD :: GenicGenepage.Synopsis My $ Page = Bio :: Gmod :: GenicGenEpage-> Nuevo ($ Gene_Identifier); My $ XML = $ Página-> Render_xml (); Requisitos: · Perl

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