BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: PiseWorkFlow BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: PiseWorkFlow es una clase para crear un flujo de trabajo Pise usando objetos de aplicación Pise como métodos.
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BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: PiseWorkFlow es una clase para crear un flujo de trabajo Pise usando objetos de aplicación Pise como métodos. BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: PiseWorkFlow es una clase para crear un flujo de trabajo Pise usando objetos de aplicación Pise como métodos. Un flujo de trabajo se define mediante un conjunto de métodos que todos instancian la clase Pisapplication.Synopsis # Primero, cree una biografía :: Herramientas :: Ejecutar :: AnalysisSingFactory :: Pise Object: My $ Factory = New Bio :: Herramientas :: Ejecutar: : AnalysisFactory :: Pise (); # Luego cree los objetos de la aplicación (Pise :: Ejecutar :: Herramientas :: Pisapplication): My $ clustalw = $ fábrica-> programa ('clustalw'); $ clustalw-> infile ($ my_alignment_file); My $ protpers = $ fábrica-> programa ('protpers'); # Puede especificar diferentes servidores para diferentes aplicaciones: My $ Protdist = $ Factory-> Program ('protpars' -Remote => 'http://kun.homelinux.com/cgi-bin/pise/5.a//protpars .PL ', -Email =>' Your_Email '); # Crear un nuevo objeto de flujo de trabajo: My $ Workflow = Bio :: Herramientas :: Ejecutar :: PiseWorkFlow-> Nuevo (); # Define los métodos del flujo de trabajo utilizando los objetos de la aplicación: # El método de aplicación $ ProtPars recibirá la salida de # Tipo 'ReadSeq_ok_alig' del método de aplicación $ Clustalw. $ flujo de trabajo-> AddPipe (-Method => $ Clustalw, -tometod => $ protpers, -pipetype => 'readseq_ok_alig'); # El método de aplicación $ Clustalw se canalizará a un segundo método de aplicación # ($ protdista) utilizando la salida del tipo 'readSeq_ok_alig'. $ Flujo de trabajo-> AddPipe (-Method => $ Clustalw, -Tometod => $ protdist, -pipetype => 'readseq_ok_alig'); # El método de aplicación $ ProtPars se canalizará a la aplicación # Método $ consenso utilizando la salida del tipo 'PHYLIP_TREE'. My $ consense = $ fábrica-> programa ('consense'); $ flujo de trabajo-> AddPipe (-Method => $ protpers, -tometod => $ consense, -pipetype => 'Phylip_tree'); # Ejecutar el flujo de trabajo. $ Workflow-> Run (); Requisitos: · Perl

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