BIO :: SEQ :: PrimedSEQ Una representación de una secuencia y dos cebadores que flanquean una región objetivo
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Módulo perl perla bio región de destino secuencia imprimada imprimado

BIO :: SEQ :: PrimedSEQ Descripción

Una representación de una secuencia y dos cebadores que flanquean una región objetivo. BIO :: SEC :: PrimedSEQ es una representación de una secuencia y dos cebadores que flanquean una región objetivo. HSYNOPSIS # La forma más fácil de usar Esto es probablemente, (i), obtenga la salida # de BIO :: Herramientas :: Ejecutar: : Primer3, Bio :: Herramientas :: PRIMER3, OR # BIO :: Herramientas :: PCRSImulation: #, por ejemplo, comience con un archivo FASTA Use BIO :: SEQIO; Use BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Primer3; My $ file = Shift || morir "Necesito un archivo para leer"; MY $ SEQIN = BIO :: SEQO-> Nuevo (-File => $ File); MY $ SEQ = $ SEQIN-> NEXT_SEQ; # Use Primer3 para diseñar algunos cebadores MY $ PRIMER3RUN = BIO :: Herramientas :: Ejecutar :: Primer3-> Nuevo (-SEQ => $ SEQ); $ Primer3run -> Ejecutar; # ejecutarlo con los parámetros predeterminados # Crear un archivo para escribir los resultados a MIS $ SEQOUT = BIO :: SEQIO-> NUEVO (-FILE => "> PRIMED_SQUESE.GBK", -Format => 'GenBank'); # Ahora solo obtén todos los resultados y escríbalo. Mientras (mis resultados $ = $ Primer3Run-> next_primer) {$ seqout-> write_seq ($ resultados-> anotated_seq); } # O, (ii), para crear un archivo GenBank para una secuencia y sus cebadores cognados: Use BIO :: SEQIO; Use BIO :: SEQ :: PrimedSEQ; # tiene un archivo de secuencia ($ archivo) con la plantilla, y dos cebadores # que lo coinciden, en formato FASTA My $ File = Shift || morir "$ 0"; MY $ SEQIN = BIO :: SEQO-> Nuevo (-File => $ File); # leer tres secuencias mi ($ plantilla, $ salta izquierda, $ honrado) = ($ seqin-> next_seq, $ seqin-> next_seq, $ seqin-> next_seq); # configurar el objeto de secuencia cebado My $ PRIMEDSEQ = BIO :: SEC :: PRIMEDSEQ-> NUEVO (-SEQ => $ TEMPLARA, -TEFT_PRIMER => $ saltos de salta, -RIGHT_PRIMER => $Primer); # Abra un archivo para la salida My $ SEQOUT = BIO :: SEQIO-> NUEVO (-FILE => "> Primed_Esquence.gbk", -Format => 'GenBank'); # Imprimir la secuencia OUT $ SEQOUT-> WRITE_SEQ ($ PrimedSEQ-> Anotated_Inquence); # Esto debe generar un archivo GenBank con los dos cebadores etiquetados. Este módulo es una cápsula ligeramente glorificada que contiene una secuencia cebada. Se creó para abordar el hecho de que una imprimación es más que una SEQFeature y es necesario que haya formas de representar el complejo de la secuencia de imprimación y los comportamientos y atributos que están asociados con el complejo. Requisitos: · Perl

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