 | Babel abiertoUn programa de química multiplataforma y una biblioteca diseñados para convertir los formatos de archivo |
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Babel abierto Clasificación y resumen
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Babel abierto Descripción
Un programa de química multiplataforma y una biblioteca diseñados para convertir los formatos de archivo. Open Babel Project está diseñado para recoger donde Babel se lo dejó, como un programa de plataforma y una biblioteca diseñados para interconductar entre muchos formatos de archivo utilizados en modelos moleculares y química computacional. Aquí hay algunas características clave de "Open Babel": · Una gran variedad de formatos de archivo químicos comunes, incluyendo SDF / MOL, MOL2, PDB, sonrisas, XYZ, CML ... (detalles) · Reconocimiento del tipo de archivo basado en la extensión de nombre de archivo · Soporte de MIME químico · Cumplimiento de Smarts · Atom Typer flexible · Typer de Bond Flexible para la percepción de los enlaces múltiples de las coordenadas atómicas · Cálculo de carga parcial de Gasteiger · Adición y eliminación de hidrógeno. · Soporte de isótopos, cálculo de masas promedio y exactas. · Percepción automática de características (anillos, bonos, hibridación, aromaticidad) · Almacenamiento de múltiples conformes dentro de las moléculas. · Conversión de línea de comandos para múltiples moléculas en un archivo · Interfaz de línea de comandos · Clase Bitvector · Transformaciones vectoriales y matrices. · Suite de prueba molecular · Software abierto / de código abierto bajo la licencia pública GENU GNU · Plataforma cruzada (Windows, Linux, Mac OS X, SGI, Solaris, Dreamcast ...) ¿Qué hay de nuevo en este lanzamiento: · Esta versión representa una versión importante de Bug-Fix y es una actualización estable, que se recomienda encarecidamente para todos los usuarios de Babel abierto. Si bien puede que no haya muchas características nuevas, muchos choques y otros errores se han solucionado desde 2.2.1. · Actualizado a la nueva versión de Inchi 1.02 para producir una salida estandarizada de Inchi y Inchikey. · Se corrigieron muchos errores de estereoquímica al leer / escribir sonrisas. Esto es parte de un proyecto más grande que se terminará en la versión 2.3. · Compilación y instalación fijas en plataformas Cygwin y MingW. · Mejora significativamente de aromaticidad y asignación de enlaces Kekule. · Generación de coordenadas 3D 2D mejorada -> · Generación de coordenadas mejorada utilizando la operación de línea de comandos -GEN3D · Mejora del rendimiento para la generación de coordenadas. · New -Fillif Funcionamiento de la línea de comandos para Babel. · Se corrige a la adición de hidrógeno dependiente de pH. · Soporte adicional para leer los datos vibracionales de los archivos de salida Molden, MolPro y NWCHEM. · Radios atómicos actualizados de los cálculos teóricos recientes. · Error fijo al leer archivos MOL2 o XML comprimidos con gzip. · Cerrar archivos después de un error. Corrige un error con Pybel donde los archivos permanecerían abiertos. Muchas más correcciones de errores y mejoras de características pequeñas. == Nuevos formatos de archivo == Importar y exportar: · Entrada y salida MOLPRO. · Archivos de coordenadas de VASP (contador y poscar).
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