Bio :: Árbol :: Compatible BIO :: Árbol :: Compatible es un módulo Perl para probar la compatibilidad de árboles filogenéticos con taxones anidados.
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Bio :: Árbol :: Compatible Descripción

Bio :: :: Compatible árbol es un módulo de Perl para probar la compatibilidad de los árboles filogenéticos con taxones anidada. Bio :: árbol :: Compatible es un módulo de Perl para probar la compatibilidad de los árboles filogenéticos con el uso taxa.SYNOPSIS anidada Bio :: árbol :: Compatible; utilizar Bio :: TreeIO; mi $ entrada = new Bio :: TreeIO ( '- formato' => 'newick', '-file' => 'input.tre'); mi $ t1 = $ input-> next_tree; mi $ t2 = $ input-> next_tree; mi ($ incomp, ilabels $, $ inodos) = $ T1> is_compatible ($ t2); if ($ incomp) {mi cluster1% =% {$ T1> cluster_representation}; mi cluster2% =% {$ T2> cluster_representation}; imprimir "treesn incompatibles"; si (escalar (@ $ ilabels)) {foreach $ mi etiqueta (@ $ ilabels) {my $ = $ nodo1 T1> find_node (-id => $ etiqueta); mi nodo2 $ = $ T2> find_node (-id => $ etiqueta); mi @ c1 = tipo @ {$ $ {cluster1 nodo 1}}; mi @ c2 = tipo @ {$ $ {cluster2 nodo 2}}; imprimir "etiqueta $ etiqueta"; imprimir "cluster"; mapa {print "", $ _} @ c1; imprimir "cluster"; mapa {print "", $ _ @} c2; Imprimir "n"; }} If (escalar (@ $ i-nodos)) {while (@ $ i-nodos) {my $ nodo1 = desplazamiento @ $ i-nodos; mi nodo2 $ = desplazamiento @ ínodos $; mi @ c1 = tipo @ {$ $ {cluster1 nodo 1}}; mi @ c2 = tipo @ {$ $ {cluster2 nodo 2}}; imprimir "cluster"; mapa {print "", $ _} @ c1; imprimir "adecuadamente intersecta grupo"; mapa {print "", $ _ @} c2; Imprimir "n"; }}} Else {print "treesn compatible"; } Bio :: :: Compatible árbol es una herramienta de Perl para probar la compatibilidad de los árboles filogenéticos con taxones anidada representan como objetos Bio :: :: árbol árbol. Se basa en una reciente caracterización de la compatibilidad ancestral de los árboles semi-marcado en términos de su clúster representations.A árbol semi-marcado es un árbol filogenético con algunos de sus nodos internos marcados, y puede representar un árbol de clasificación, así como una árbol filogenético con taxones anidada, con nodos internos marcados correspondiente a taxones en un nivel superior de agregación o de anidación que la de sus descendents.Two árboles semi-etiquetados son compatibles si sus restricciones topológicas a las etiquetas comunes son tales que para cada etiqueta nodo, los grupos más pequeños que lo contienen en cada uno de los árboles coincidir y, además, no clúster en uno de los árboles se cruza adecuadamente un racimo de las otras extensiones tree.Future de Bio :: árbol :: incluyen un Bio :: árbol :: Supertree módulo para la combinación de árboles filogenéticos compatibles con taxones anidada en un súper árbol común. Requisitos: · Perl

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