Bio :: Árbol :: Nodei Interfaz que describe un nodo de árbol
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Módulo perl Árbol perla nodo Interfaz Perl Nodo de árbol

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Interfaz que describe un nodo de árbol Bio :: Árbol :: Nodei es una interfaz Perl que describe un nodo de árbol.Synopsis # Consigue un árbol :: Nodei de alguna manera # como desde un árbol Use Bio :: Tretro; # leer en un clustalw nj en formato Phylip / Newick My $ TREAIO = NUEVO BIO :: TREAIO (-Format => 'Newick', -File => 'file.dnd'); My $ TREA = $ TREAIO-> NEXT_TREE; # Asumiremos que funcionó con fines de demostración. Es posible que desee probar que se definió My $ rootnode = $ árbol-> get_root_node; # Procesar solo la próxima generación Foreach My $ Nodo ($ rootNode-> cada_descendente ()) {impresión "LEN es", $ KNODE-> Branch_length " ";} # Procesar a todos los niños My $ Ejemply_leaf_node; foreach My $ nodo ($ rootNode-> get_all_descendents ()) {if ($ node-> is_leaf) {impresión" nodo es una hoja ... "; por ejemplo, uso debajo de $_leaf_node = $ nodo a menos que se define $ ";} # El método del ancestro () apunta al padre de un nodo # Un nodo solo puede tener un padre My $ Padre = $ example_leaf_node-> ancestro; # padre no es probable que sea una descripción porque es un nodo interno # Pero el niño lo hará porque es una impresión de hojas "IDENTIFICACIÓN PADRE:", $ PADRE-> ID, "ID de niño:", $ Ejemplos de edición-> ID ", "; Un nodei es capaz de la estructura básica de construir un árbol y almacenar la longitud de la rama entre los nodos. La longitud de la rama es la longitud de la rama entre el nodo y su ancestro, por lo que un nodo raíz en un árbol no tendrá típicamente una Longitud de la sucursal válida. Las implementaciones variables de NODEI pueden extender las funciones básicas y permitir la almacenamiento de otra información (como conjuntamente un objeto de especie o secuencias completas utilizadas para construir un árbol o secuencias alternativas). Si no sabe cómo extender un objeto bioperl. Pregunte, feliz de ayudar, también apreciaríamos las contribuciones con mejoras con mejoras o extensiones de los objetos de nuevo a la base de código BIOPERL para que otros no tengan que reinventar sus ideas. Requisitos: · Perl

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